剧情接上部，约翰教授告知了朋友自己永生的秘密以后，又更换了新的身份和新的住所，开始了他十年一度的“迁徙”，不过这一次他仍然是个教授。约翰的学生从在他家里借来的书籍里发现了第一部中一个教授的亲笔签名和赠言，而书中的人物也和自己的教授十分相似，于是开始探索约翰的秘密。约翰的永生细胞也出现了细微的老化现象......日本战败不久，三个日本逃兵给一个本该逃过战争的村庄带去了灭顶之灾。面对残忍的日本兵，一直被村民误认为是汉奸的吴大宝，用两把菜刀证明了自己的清白。他带着村里仅存的几个年轻人，用生命守护着村民生存的希望。京城的武林盟主老馆主被徒弟熊天霸暗算，老馆主逃亡到乡下，临终前把毕生武功传授给淳朴的炸糕厨师兔二，并将统领武林的令牌交给兔二，请他一定要把令牌亲手交给女儿牡丹，不能落在坏人手里。诚实守信的兔二到京城时，武林已经被熊天霸操控，好在令牌还在兔二手上。在京城兔二四处寻找牡丹，遇上重重危险，并在日常劳作中悟得绝世武功，最终打败熊天霸，拯救了武林，并将令牌交还给牡丹，实现了对老馆主的承诺。幼时的方晓楠和程天因为一次意外事件从而人生改写。方晓楠变得处处倒霉懦弱自卑，而程天则信心爆棚事事顺利。成年后，即将大学毕业的两人意外相遇，成为同一家广告公司的实习生，命运又开始捉弄起这两人。机缘巧合下，公司要求方晓楠和程天共同负责一个艰巨的任务，任务对象竟然是方晓楠之父方磊。方磊得知女儿瞒着自己偷偷实习，十分生气，勒令她辞职准备出国留学。患得患失缺乏勇气的方晓楠不敢违抗父亲，选择离开。但在程天的劝说和帮助下，晓楠知道了破除霉运的方法就是找到勇气和信心。最终，方晓楠勇敢地向父亲证明了自己，也收获了跟程天的甜蜜爱情。天津静海县霍、赵两武林世家，因争执谁是秘宗拳的正宗而要举行比武。霍家四子霍元甲(黄元申饰)因从小体弱多病，父亲让他弃武从文，但元甲每日旁观父兄练武，日久竟自研出“迷踪拳”，并在比武之日使出“迷踪拳”打败了仇家程天啸，把程活活气死。程的徒弟陈真(梁小龙饰)为报仇，使尽计策与刘振声一起拜师霍元甲。不料，师徒三人在火烧民族败类龙海生的鸦片烟馆后却被迫逃离家乡。这是一个外星人和地球人混居的时代，在外星移民的压迫和统治下，流传百年的武士道精神已然没落，然而，在一片倾颓之势面前，依然有一群人默默的遵守着他们的准则和正义。家道中落的青年志村新八在一场意外中结识了万事屋老板坂田银时和天人少女神乐，三人成为好友。他们共同的朋友桂小太郎无故失踪，经过调查，一个名叫冈田似藏的男人和一把名为“红缨”的妖刀浮出水面。冈田似藏是曾经的攘夷志士高杉晋助的手下，高杉恨透了这个堕落的世界，一直都企图将它破坏殆尽。随着红缨的力量越来越强大，整个大江户被笼罩在越来越浓重的阴云之下。