掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLEPLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。　　在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？20世纪70年代伦佐和他的黑帮成员肆虐整个街道，无论他们走到哪里，探员沃马克都没有停止将这些暴徒绳之以法，即使这意味着要打破法律的规则。喜剧演员怀特被美军召集入伍，但不是去当兵，而是让他去当间谍，身份也是喜剧演员，要拿微型照相机去到摩洛哥把美军需要的机密拍照会俩，在摩洛哥他遇到了“老朋友”莉莉，两人开始小打小闹，最后才发现对方是间谍。这是一个没有希望的世界，没有雨、没有粮食，军阀和野蛮的游牧部落统治一切。诺亚是这个残酷世界的一个好人，一个久经沙场的战士、法师和治疗师，他只想和家人过上安宁平静的生活。然而，每天晚上他都会被一个噩梦所折磨，梦里整个世界被一场大洪水吞没。久而久之他意识到，这正是造物主给他的讯号，上帝要惩罚人类，把他们杀光。但他给了诺亚一个机会，让他得以保存地球上的物种。香港特警队督察蓝朗（方中信饰）在侦察一宗重大罪案期间，冒死前去营救被黑社会绑架的女友（蒙嘉慧饰），却反遭陷害，被迫停职退出警界。朗只好在海边开设小餐厅，希望过平静的生活。可是黑社会势力并没有放过他。十年後，从澳洲回港的年轻人阿孝（陈宇琛饰）来到海鲜酒家工作，其父当年被蓝朗误杀，而阿孝正要来查明真凶。一团硕大无朋的高能离子云，在遥远而神秘的太空中迅疾地飘移。这团能量云具有无坚不摧的威力，足以毁灭宇宙间任何物质结构。在它所划过的轨迹上，早已有好几艘分属银河三大势力的星舰遇难了……地球-银河系星球联邦的重镇，星际舰队总部的所在地。在位于北美洲旧金山的星际联邦舰队总部，寇克将军正像往常一样百无聊赖无所事事，突然间却接到了一个再好不过的命令检视企业号准备执行紧急任务。原来地球的防卫体系己经发现了那团高能离子云，而且侦测出它正对准地球飞来。寇克将军的任务，就是要赶在它到达地球之前，率领企业号先迎上去一探究竟。阔别了将近十年，当寇克重新登上企业号时，内心的兴奋与激动真是难以形容。可是当他随着现任的舰长迪卡检阅过了人员与装备之后，却又不禁兴起不少陌生的感觉。因为经过这些年来的不断改良，企业号的功能与威力都增强了许多，但也因而使得前任的舰长寇克将军有点摸不着头绪了。不过还好的是，接下来马上就有很大的惊喜冲淡了这份陌生感神通广大的寇克竟然在短时间之内几乎把老战友都找齐了！例外的只有史波克先生，他因为正在瓦肯星进行高深的修炼，所以没有办法赶来，成了这次任务的唯一遗憾。由于寇克是星际舰队的高级长官，所以在出发之后，迪卡舰长只好很不情愿地暂时交出指挥权。一开始的时候，两位新旧舰长之间难免有些成见与摩擦，但渐渐地就因为相互了解而变得惺惺相惜。寇克发现迪卡的确是个优秀称职的好舰长，而迪卡也开始真正地把寇克敬作父执。原来迪卡的父亲也曾做过寇克部下，后来却不幸在末日武器那个事件中英勇牺牲了。企业号上的新面孔，除了迪卡舰长之外，还有一位美丽的女领航员伊莉雅。虽然她是德罗坦星人，但除了有头发之外，却是地球人眼中的标准美女，连迪卡舰长都曾与她有过一段罗曼史。在迎向能量云的途中，企业号突然发生严重故障，不得不把速度减慢下来。没想到此时史波克却意外地出现了，使得所有的老战友全都兴奋不已。原来史波克还是没有通过最后的考验，他体内深藏的人性仍然无法根除。当史波克面对现实完全想通之后便决定还是回到星际舰队来继续服役。不过，在精通心理学而洞悉人性的麦考伊眼中，却已经看出了寇克与史波克的复杂心情。他感觉到他们最关心的似乎并不是这次的任务，而是返企业号的成就感。由于史波克的高超能力，很快就帮史考特等人排除了一切故障，使得企业号能及时迎上那团能量云。不料正当穿进云层时，伊莉雅却突然被一种不知名的力量掳走，然后却又传送回来了一个与她一模一样的复制人。据这个复制的伊莉雅说，她是那团云派来作为双方沟通的媒介。原来这团云竟然是个有智慧的个体！它透过假伊莉雅，宣称自己的名字叫『威者』（V'ger），正要航向地球去寻找自己的创造者，并且还要试图与创造者结合。接着假伊莉雅又不顾众人的疑惑，反而开始询问有关企业号的问题。因为过去与伊莉雅的一段渊源，迪卡便理所当然地负责与这位假伊莉雅沟通，他还不时地利用这种特殊关系，试着向她套取更多威者的情报。当这团能量云还剩几个小时就要到达地球时，史波克擅自偷了一艘小型登陆艇，单枪匹马地驶向云层内部，试着用瓦肯人的心灵感应术与它沟通。结果史波克发现威者竟然是部活机器，它的故乡在银河系的另外一端，是一个全部由机器人统治的......