城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克饰）、拉斐尔（阿伦·瑞奇森饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。故事发生在1987年的美国，阿黛尔和亨利是一对相依为命的母子，一次偶然中，两人在购物途中遇见了满身是血的流浪汉弗兰克，误打误撞之下，阿黛尔和亨利将弗兰克带回了家，弗兰克亦诚恳地坦白了他灰暗的过往。原来，弗兰克是一名逃犯，他因为发现深爱的儿子并非自己亲生而在愤怒之中失手杀死了女友曼迪。随着时间的推移，弗兰克和阿黛尔之间的关系越来越亲密，两人决定带着亨利远走高飞，然而，正当计划即将顺利实施之时，亨利却将这个秘密告诉了早熟的女孩莲诺，这一举动为阿黛尔和弗兰克带来了灾难性的麻烦。一群中年男子出现在2013詹姆士棒球场。他们是朝鲜籍日本球员，从1982个半旗旗下的季后赛中，他们回到祖国分享他们充满激情的故事，展现了韩国棒球的不可磨灭的历史。1942年欧洲卷起纳粹浪潮，法国亦不能幸免，巴黎有过万名犹太人被警察拘捕送往集中营，孩子被迫与父母分离，部份更被分批屠杀。11岁的犹太少女莎拉与家人亦难逃一劫，为保护弟弟，她将弟弟锁在房间小秘室中免被警察拘捕。最终莎拉与家人被送往集中营，可是她一直紧握着小秘室的钥匙，希望有日可逃回家拯救弟弟。影片围绕朱莉娅·西姆斯，因为残酷的创伤而落入一种非常规的治疗来恢复自己。在这个看起来和平的世界背后，其实隐藏着光怪陆离的奇妙世界。李遥是现实生活中的普通人，因缘际会之下加入了神秘组织，以为从此可以摆脱平庸小人物的命运，不料却因此葬送了自己唯一的两个亲人。暴怒之下的李遥触发了原本隐藏在体内深处的特殊力量，平凡的生活从此有了有改变，李遥也因此发现了自己原本的身世。当正义与邪恶共存，为了爱与信仰，李遥挺身而出，选择勇敢的站出来击退邪恶势力，这个世界，正义终将战胜邪恶。