成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。天龙与月如从小结下亲事，天龙出国留学多年，月如日盼夜盼，终于等到他回来。为了见天龙，月如穿上了从不穿的高跟鞋，却得知天龙去了妓院鬼混。天龙和妓院的头牌露露喝酒到深夜，因醉的厉害在自己的车上睡着了，醒来时却被警察发现露露死在自己车上，被抓起来。月如相信天龙不会杀人，于是找到刘督军把天龙保释出来，并答应刘督军在两天内找到真凶，不然就和天龙一起服罪......杰克是一名职业赛车手，对胜利和赛车冠军充满了渴望，在走出失败的阴影之后，他在女友的鼓励及赛车设计高手哈里的帮助下，决定再次挑战对手联手向雷特那赛车冠军发起了冲击。经过惊险万分比赛，最后终于赢得了冠军！故事设定在北达科他州的恶魔之门小镇，一个女人和她的儿子失踪了，FBI与当地的警长联手探寻这起谜一样的失踪案，却发现似乎与女人的丈夫有关……维拉德是个有点胆小的12岁小男孩。他总幻想来一场英勇无比的冒险，当个大英雄。没想到机会很快就来了。一天放学回家的路上维拉德遇到了奇怪的现象。一股冲击波从天而降，一个小机器人出现在他面前。这个小机器人名叫波波，他被维拉德收留，成为了维拉德的朋友。波波的到来实际是由于两大外星文明的冲突。古老的变形人文明派来了使者，阴谋关闭地球防护罩。防护罩一旦关闭，太阳辐射就会侵入大气层，并消灭一直支持着地球人科技进步的另一外星势力。波波实际上属于变形人一族。维拉德必须挺身而出拯救地球。但他并不是一个人在战斗。波波成了他的帮手，他愿意为了好朋友而冒险。维拉德和波波经历了许多千钧一发的惊险时刻。终于已经融入地球万物的善意外星力量觉醒，出现在了维拉德面前。大华戏院名角沈玉芝未婚却有个儿子，这个秘密被另一个名角小飞燕周楚楚告到了戏院老板丁远山那里。丁远山给沈玉芝下了死命令：要么把儿子送到孤儿院，要么马上解除合约离开戏院。就在沈玉芝收拾东西准备离开戏院时，傲慢的周楚楚又来嘲笑她，被激怒的沈玉芝将周楚楚推倒在地，周楚楚头部磕到桌角上血流不止，当场昏迷过去。沈玉芝见自己闯下大祸，吓得赶紧逃离了化妆室，慌乱中落下了自己的胭脂盒。\n沈玉芝带着儿子小虎准备离开海城，在火车站却被老板丁远山拦下来。原来周楚楚意外身亡，丁远山只能请求沈玉芝继续在戏院唱戏。沈玉芝怕自己这个时候拒绝丁远山，会引起别人的怀疑，只好答应留下来继续演戏。\n负责侦破周楚楚案件的青年警察叶藏是沈玉芝往日的恋人，八年前一场变故让叶家家破人亡，叶藏悄无声息地离开了海城和沈玉芝。现在，叶藏的身份是海城新任刑侦队队长。\n戏院人员刘丽春有意无意地在沈玉芝面前提起自己曾经捡到一个胭脂盒。沈玉芝心中一惊，她当然明白刘丽春的意思。自此，刘丽春开始了疯狂的勒索。倍受折磨的沈玉芝决定悄悄偷回胭脂盒，因此，玉芝找到好友方瑜商量，决定一起到刘春丽家偷回胭脂盒，为了阻止前来调查的叶藏，玉芝与叶藏谈起昔日往事；与此同时，方瑜才发现刘丽春已经死去，胸口上赫然插着一把匕首！两人魂飞魄散仓皇逃离。但屏风后的一双脚却让人疑窦暗生。几天后，叶藏在刘家搜查时发现了一封勒索信和一个胭脂盒，这个胭脂盒便是沈玉芝的。叶藏下达逮捕令，却被玉芝抢先一步逃走。叶藏为了让凶手浮出水面，故意设计逮捕玉芝，不明真相的玉芝伤心不已，而好友方瑜也气愤难当，告知小虎便是叶藏与玉芝的儿子。到此时，仿佛一切真相都已大白。但是却暗藏真相。\n那么，这个圈套的幕后凶手究竟是谁？连环杀人的背后到底隐藏着什么惊天秘密？沈玉芝是否清白？她能否与叶藏再续前缘呢？