城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克饰）、拉斐尔（阿伦·瑞奇森饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。利亚姆·海姆斯沃斯扮演奥斯汀的好友兼战友，两人并肩作战、出生入死。奥斯汀在美国本土的女朋友让他情绪失控。于是，两人逃离军队，返回家乡拯救爱情。两人回到反战运动如火如荼的大学校园，奥斯汀将如何挽回他的爱情。讲述了从出生起便被人认为是身带诅咒的主人公阿罗，在与家人迁徙到临时村落集合后受到的各种排挤。后通过朋友基亚和其叔叔的帮助，与命运做斗争，以自己的聪明和勇气最终赢得一年一度火箭节比赛的胜利，证明自己是正常人并被村民所接受的故事。杜立德（艾迪·墨菲EddieMurphy饰）因为拥有能够和动物交流的特殊能力而在当地名声大噪，拜访他的除了人类以外，前来寻求帮助的动物亦是络绎不绝，一时间，杜立德忙的焦头烂额，在无形之中忽略了家人们的感受。一天，一群动物找到了杜立德，它们赖以生存的森林即将被砍伐，它们希望杜立德能够帮助它们保护唯一的家园。杜立德在森林里找到了珍稀物种太平洋熊艾娃（莉莎·库卓LisaKudrow配音），只要能给艾娃觅得一配偶，那么就可以要求政府保护这片森林。在马戏团里，杜立德找来了早已经被人类驯化的大熊阿奇（史蒂夫·茨恩SteveZahn配音），但很显然，阿奇并没能够吸引到艾娃的注意。迪伦·拉姆奇是一个过着优越生活的普通人：他在洛山矶有一大套住房（甚至可以与老邻居玩玩扑克游戏），还有一家即将开张的饭店，对他来说一切都非常称心如意。　　“漂亮”不足以说明他的新邻居莉拉，她就象埃非尔铁塔，高佻、美丽、法国味十足，但是她只能远观而不可接近，于是迪伦决定吸引她的注意力。　　不幸的是，莉拉只是关注三件事：在她的新居继续她的大提琴家的生涯、远离她鲁莽爱出风头的前男友瑞纳、和她的宠物杰克－一只短小、多毛、温柔、漂亮的小狗建立一个新家。　　尽管迪伦想方设法接近莉拉，他最多的收获只是邻居间普通的招呼，即使他将走失的杰克归还也只是得了一声“谢谢”。于是迪伦为梦中情人做了一件事：将杰克绑架，然后帮助她寻找，借此获得她的好感而得到约会。　　但是事情并没有象预期的发展，一个个意外出现了，如妒嫉的瑞纳出现、失落的结婚戒指、尼尔钻石、粗暴的信贷员等等。一位神秘人物的出现让小镇上的居民终日生活在恐惧之中，他利用一架邪恶的机器制造出了许多可怕的怪物，将它们放到镇上为非作歹。这时，就轮到“秘密公司”的诸位出马了，可摩拳擦掌跃跃欲试的沙吉（马修·里沃德MatthewLillard饰）和搭档史酷比（NeilFanning配音）却被告知留守公司，不必参加行动。　　不甘心的沙吉决定和史酷比私下里调查事件的真相，以挽回他们一败涂地的名声，没想到却闹出了一大堆的麻烦。随着调查的深入，博物馆馆长帕特里克（赛斯·格林SethGreen饰）带着他的阴谋渐渐浮出水面，线索显示，这一切，很可能和传说中的恶魔复仇有着千丝万缕的关联。