在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明饰）、达拉姆（松田優饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……野心勃勃的律师库伦（比尔普曼）即将成为联邦法官，却不智地在得到奉派之前喝酒误事，强迫新来的秘书苏菲（嘉柏莉安沃）与他在办公室内发生性关系。另一方面，有前科记录的青年纳森（戴文沙瓦）决定进城见见他素为谋面的生父--库伦；在纳森尚未来得及对库伦表明身份前，这对父子见了面，不知纳森身世的库伦竟向儿子提议，欲雇用纳森去杀向他勒索的苏菲；纳森拿著装满钞票与一张照片的信封后离去，向朋友提起此事后便将信封丢弃。不料，朋友之中有一位亟需现金周转，因而将信封捡了回来，决定「拿人钱财与人消灾」，杀了照片中的女人；纳森能及时阻止友人犯下大错吗？未来世界，水资源短缺引发了连绵的战争。人们相互厮杀，争夺有限的资源，地球变成了血腥十足的杀戮死战场。面容恐怖的不死乔在戈壁山谷建立了难以撼动的强大武装王国，他手下的战郎驾驶装备尖端武器的战车四下抢掠，杀伐无度，甚至将自己的孩子打造成战争机器。在最近一次行动中，不死乔的得力战将弗瑞奥萨带着生育者们叛逃，这令不死乔恼羞成怒，发誓要追回生育者。经历了激烈的追逐战和摧毁力极强的沙尘暴，弗瑞奥萨和作为血主的麦克斯被迫上路，而身后不仅有不死乔的追兵，还有汽油镇、子弹农场的重兵追逐。讲述出生在单亲家庭的女孩陈思雨，从小跟父亲陈天河相依为命。陈思雨从小调皮捣蛋，有着男孩一般的性格，高中因为违反校规被学校开除，被父亲责骂后出走。几年后，陈思雨当上了企业老总，在一次偶然的谈话中得知父亲原来已在一年前去世，她自责并后悔莫及。“子欲养而亲不待，我们就想通过影片，引起社会广泛关注，关爱老人，关爱身边的每一个人痛失爱人的张孝智一蹶不振，终日以喝酒度日，钱眼儿嗜赌，两人过着浑浑噩噩的生活。黑风寨寨主完颜威胁二人帮其寻宝，张孝智和钱眼儿逃跑途中无意间救了女主角八角，没想到再次陷入完颜精心布置的全套。墓穴内惊险万分，张孝智无意开启神龙盘。神龙觉醒，一大批粽子也涌出，张孝智和钱眼儿再次陷入危机四伏的绝境……经过与一十一（神木隆之介饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明饰）随女儿小润（森山树饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……本片为SPEC系列完结篇的前篇。