自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（BillyConnolly饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……本片为同名美剧的第二部剧场版。在第二十一世纪的转折时期，善恶之间的最终斗争始于一个神秘的陌生人试图从撒旦手中保护一个小城镇女孩。一个非常秘密的组织专门为富人提供生命的第二次机会，当客户想成为某一个人，他们便用外科手术帮他们整容，并让客户“死去”，让他们拥有另一个新的生活。但有一件事是他们所没有预料到的……香港重案组督察Sam率众捣毁了某跨国犯罪组织的巢穴，并把该组织首脑之一Night逮捕归案，但他没想到的是，Night会在其花重金聘请的能言善辩的律师团的帮助下仅以协助偷运人蛇罪被判3年监禁，对此Sam虽很失望，但仍暂时舒了口气，携妻子Ann来到巴黎游玩散心。\n谁料Night的哥哥Day派的杀手早在巴黎埋伏。在巴黎购物中心，Ann不幸被杀手暗杀，Sam虽侥幸逃脱，却无法安然接受事实。回到香港后，Sam辞掉了督察职务，开始了隐居生活，可是在无意间结识来自日本的漂亮女记者后，他对生活又有了新的理解。全国劳模张根生在造船厂寻找一名“小孩”的同时，发生多次有趣的誤会，通过这故事反映了我国造船工业大跃进的事迹。闻人羽的养子项小天为登上侠义榜，偷跑入人间降妖，却误拔出被封印的离音魔剑、惊扰四方，在乐无异和上官羽灵陪伴下，踏上青云坛救世之旅，不料却陷入阴谋之中。危难之际身为剑灵的小天牺牲自己，以大爱换天下太平。