经过与一十一（神木隆之介饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明饰）随女儿小润（森山树饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……本片为SPEC系列完结篇的前篇。铁牛的父亲因被迫与人动武受伤，不久后死去，临死前就交代不许铁牛再学武，要他耕田去,在一次无意中撞破了村长与寡妇的好事，被陷害赶出了村，冲公了所有家传的财产，只好流落在外，一个从没出过门的小子在外．．．一连串的故事就这样开始了.....伊莱是一个崭露头角的摄影师，一次摄影展后他在街头陪儿子玩耍，儿子却意外的被绑架失踪。随后他开始了沉沦的人生，他是一个海洛因成瘾者，儿子失踪的创伤，是他无法摆脱他选择了复吸的沉沦之路。朋友为了拯救他，安排他成为朋友婚礼的摄影师，希望他能够重新开始工作，重新振奋生活。现场的拍摄使他无意间发现了一对夫妻的秘密，他们可能是一个专门拐带孩子的机构。这对夫妻开始威胁他交出摄影的素材，同时绑架了他的妻子佳雪，如果不交出素材，他们会杀了他的妻子。莱伊很无奈，他选择找警察寻求帮助，然后警察却拒绝了他。他开始变得更加的困顿，他想要试图自己去拯救妻子，但困难重重。直到最后他觉得这个世界的无情，失去孩子的痛苦，以及无法拯救自己妻子的无奈。他不知道何去何从。公安干警茬子在一次追捕人贩子的过程当中，因为执法过度而被组织革职，自己的妻女也在那次案件中失去生命，一条腿也因负伤烙下了残疾。离开岗位后的孔龙痛定思痛，为了让这种人间悲剧不再发生，他此后的几年当中，一直单枪匹马义无反顾地在全国秘密追踪人贩子，他搜集到一些线索，就在公主岭山区藏匿着一伙人贩子，为害一方，于是就此展开了秘密行动……一群远足者在遇到一个年轻人和野熊，附近村庄的市民们保持高度警惕。“安全屋”为警方安排给重要证人秘密居住的地方，警员VICENT调查一起赌博事件，成功偷听录音而破案，因此获得升迁，VICENT与女友莹及好友美、琳、靖庆祝，不料，VICENT不久遇袭，身中五枪，生死未卜.\n　　美与靖调查毒枭雄，借故将其扣留，正要因证据不足放其走时，雄的得力助手辉被抓获，辉之女友怡亦被捕，安排辉、怡住安全屋，以防雄对其不利，雄利用开庭说出一些无关之话，众人不解，却有一个将之记入在心，安全屋屡受袭击，发生激烈枪战，此时，美追查出VICENT遇袭与雄有关，原来VICENT的录音里含有雄不可告人的秘密.\n　　怡邀辉一起逃离安全屋，中途却将枪指向他，恩爱的女友变成仇敌，原因何在？而雄正洋洋得意面对的证据不足，究竟正义能否压倒邪恶？VICENT又能否重新苏醒过来？