成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。影片讲述的是一个28岁的未婚妈妈和突然闯上门来的六岁私生子之间的恩怨。两人由一对互不相识，没有感情、相互抵触的冤家最后变成感情深厚、相依为命的母子。乔琪是一家外企的白领，年轻漂亮，温柔甜美。有一个即将订婚的钻石男友耿志鹏。就在乔琪憧憬成为阔太太时。一个脏兮兮的乡下小男孩突然找上门来说是她的儿子。看这小孩第一眼就知道他就是自己的儿子——她大学时的私生子江小川，眼前的这个小男孩简直就是自己大学男友的浓缩版。小川，这个突如其来的儿子如同一颗炸弹，将乔琪的幸福生活炸得地动山摇。“我们是一辈子都要在一起的朋友”这是一群女子游泳队成员所许下的誓言，她们是珍、梅、宝儿、穆可。但当恐怖的车祸发生，穆可终究无法实现他的诺言。每当穆可浅入水中总是会有恐怖的事情发生。查理是一个倒楣的军官，除了被自己的女友抛弃，他也在开车时不小心撞伤了穆可，让她丧失记忆。这起事件让上级尼可对查理下令要全力照顾穆可，尼可也是唯一可以看到穆可周遭鬼魂的人。欣欣是职场白领，因早期经历经常被噩梦惊醒，即将结婚的她压力倍增，于是到心理咨询诊所治疗，经过心理医生的开导终于能放下心里的的阴影，敞开心扉面对人生。黎巴嫩小村庄里的少年拉比赫，虽然双眼全盲却深具音乐天赋，因出国演出需申请新护照，意外发现自己的身份证明是伪造！惊觉自己活在谎言之中的惊恐与愤怒席卷而来，无论少年如何追问，却无人能说明真相。在中东民谣的悠扬乐音中，少年唱出淡然却真切的哀伤及惆怅。导演透过盲眼者的比喻，影射黎巴嫩被战争撕裂及毁灭的黑暗史。6岁的秋秋是个天真可爱的小女孩。她父母离婚后，母亲又嫁他人，秋秋只能跟父亲阿满生活在一起。一天，阿满带着思念母亲的秋秋去找前妻潘玉兰。潘玉兰见丈夫关正光去了外地，就把秋秋留在身边过夜。不料夜里关正光提前赶回来，他见到秋秋出现在家里感到十分意外，他不允许秋秋闯进自己的安乐窝。阿满单位的钟经理是位心地善良的人，他像对待亲人一样和秋秋相处，还经常去保育院替阿满接秋秋。钟经理为厂使阿满和杨春娘喜结良缘，他把秋秋说成是自己的女儿。秋秋生病了，疼爱孩子的潘玉兰把秋秋带回家照看，谁知再次引起关正光的不满。秋秋赌气带病出去游逛，无意中听到杨春娘正对父亲阿满讲：“原来真担心你有孩子，后来钟经理证明你确实没有，我才放心了”。秋秋听后伤心极了，她抱着个布娃娃躲在不引人注意的角落里，找到了权且栖身的宅钟经理为了阿满与杨春娘顺利结婚，亲自把秋秋送到农村，托付给阿满的父母抚养。秋秋流着眼泪送别了关心和疼爱自己的钟伯伯。阿满父母无力照管秋秋。秋秋悄悄跑出去，一路上忍饥挨饿，在好心人帮助下安全回到城里家中。秋秋的突然出现使杨春娘大吃一惊，她哭闹着要与阿满一刀两断。秋秋知道自己到哪儿都是多余的，幼小的心灵受到沉重的打击，她再次出走了。秋秋不知不觉走到妈妈的楼前，她仰面大声呼喊着妈妈。但她昕到却是关正光无情的回答：“这儿没有你的妈妈。”可怜的秋秋又冷又饿，蜷缩在一家昏暗的门角弯睡着了。阿满、潘玉兰、钟经理和许多好心人在大街小巷四处寻找出走的秋秋。秋秋来到动物园虎山前。潘玉兰寻至，追喊自己的女儿。尾随其后的关正光怒气冲冲，却不慎掉进了虎山之中。谁知奇迹出现了，老虎只是嗅了嗅他就走开了。饲养员对围观的人群解释“没有人味的人野兽是不吃的”。秋秋被父亲阿满接回家，杨春娘终于战胜了世俗与偏见，她欣然做了秋秋的继母。