《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事。午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子始终无法走出抛夫弃子的阴影，在第一部中受食堂老板恩惠的小满收留老太太却不被理解，警察小暮一如既往地维护着街区的平静……他们将如何解开心结，走出困境，“深夜食堂”在灯火阑珊中见证着一切。军阀年间，硝烟四起。秋生、文才、阿龙三人同是九叔的徒弟，九叔仙逝后又逢乱世，三人为谋生计各立门户。而后，镇子一夜变尸城，三人齐力灭掉金甲干尸，三人把甘宝和师父留下的茅山道术秘籍藏到隐蔽处后，把尸群引到一栋木楼中，三人点燃了炸药包……末日世界里，一支联合国101救援部队奉命搜寻幸存者，不料深入险境，陷入迷途，遭遇变异丧尸群的围攻，在与丧尸的突围战斗中，队员们发现了反派势力的阴谋和秘密。公元2020年，易博士，开发出一款重新读写大脑并可增强人类技能的程序，该程序能够读改一个人的记忆，并在其基础上可以添加任何所需技能。这款程序可改变人类未来的发展。但美中不足，程序会覆盖曾经的记忆…即便程序不完善，也足以引发学术界的轰动。然而同一研究机构的A博士却想利用其建立一个庞大的超能军团。为防止A博士的阴谋得逞，易博士提前把程序分成六部分，隐藏在他得力的六个学生头脑中，并且把他们安排在各地……1958年的早春，青海黄仁藏族地区的牧民们在党的领导下，走上了合作化的道路。反动活佛拉莫茸和大干户多尔吉预感到草原上的合作化运动已经从根本上动摇了他们奴隶主统治的基础。因此，他们藏匿了一个解放时漏网的蒋匪少校军官马乙奴，企图搞垮牧业社，进一步发动反革命叛乱。他们利用宗教和迷信拉拢群众，迫使牧民们怀疑并远离牧业社。拉莫茸指使小喇嘛旦增在牧业社修建定居点的工地上偷偷地埋上一块刻有经文的石头。牧民们响应牧业社的号召，结束流浪迁徙的游牧生活，他们兴高采烈地盖定居房子。牧业社主任尕布藏在挖地基时，挖出了一块经石，少数被宗教思想束缚的群众见了经石，不知吉凶，纷纷去寺院里念经。他们听信了活佛拉莫茸的鬼话，以为牧业社盖房动了神山神土，天有浩劫，人有横祸，于是虔诚地祈求神佛恕罪，牧业社的定居修建工程遭受挫折。马乙奴、拉莫茸进一步组织叛乱，佯称西藏有一位活佛要来讲经，受了欺骗的群众被赶到龙茵寺里修建马圈。县委书记万马同志根据了解的情况，证实了反动分子策划叛乱的企图，马上布置对策，防止叛乱的发生。带着西藏叛匪密令来组织黄仁叛乱的马乙奴，化装成管家藏在寺院里，但他的出现早被治安代表才仁错发现。马乙奴想探听治安会议的内情，把开会回来的才仁错绑架，囚禁在寺院中，拉莫茸亲自审问，并施以酷刑，并把她的爱女小卓玛作为人质。才仁错威武不屈。才仁错的丈夫尕布藏强抑悲痛，争取了寺院里的小喇嘛旦增，得到才仁错母女的下落，掌握了寺院里阴谋活动的情况。根据深入调查得来的情况，尕布藏召集紧急会议，决定调拉莫茸等人到县里开会，调虎离山，瓦解叛乱；并布置民兵加强防范。马乙奴、拉莫茸看到阴谋被识破，指使喽啰在敖包山上撒桃花杏花瓣，诡称天降“花雨”世道要变，群众被逼上山朝拜。群众上山后，喇嘛强发枪支，要群众参加叛乱。哈东活佛反对叛乱，当场被敌人捆绑。民兵赶到救下哈东活佛。人民解放军配合各路民兵包围山头，匪首被擒，匪徒纷纷投降。牧民们又投入到建设家园、发展生产的建设中。一只叫“强盗”的可爱小狗，从小被两个真正的强盗训练去抢银行。在一次行动中“强盗”机缘巧合被单身母亲和她的儿子欧文救下。“强盗”在这个家庭中和欧文一起成长，一人一狗发展出亲密的友情。“强盗”用自己以前所学，偷取现金补贴家用。这无意间让家人也受到了牵连。这时，之前利用狗狗“强盗”的两个坏蛋强盗突然出现，想要把这只聪明的狗狗再次据为己有。在“强盗”和欧文的努力下，坏人最终受到了惩罚。