明朝末年，新皇帝刚登基就面临皇位危机叛党威胁，他只得微服私访意欲铲除叛党。叶无忌是一名江湖侠盗，在一个赌场中当叶无忌无意中救下了皇帝，并看到了皇帝对黎民百姓和江山社稷的衷心和苦衷。情急之下，叶无忌临危受命决定拼死保护皇帝，消灭叛党，从而不让叛党涂炭百姓，并保护大明的江山社稷。后来，叶无忌为保护皇帝而深陷叛党大牢，叛党试图拉拢他下水时他宁死不屈，并严词拒绝了叛党。叛党头目闫震见拉拢不成就准备杀害叶无忌，但在就要行刑时，叶无忌的江湖好友杀入大牢救出了叶无忌。最后，叶无忌独自闯入闫震密室，并通过密道追到了把皇帝当人质的闫震救下了皇帝，完成了保卫江山社稷的使命。《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事。午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子始终无法走出抛夫弃子的阴影，在第一部中受食堂老板恩惠的小满收留老太太却不被理解，警察小暮一如既往地维护着街区的平静……他们将如何解开心结，走出困境，“深夜食堂”在灯火阑珊中见证着一切。三个菜鸟级别的都市青年任泽枫、龙雪娇、小胖，带着各自不同的奇思异想，开始了一段自行车骑行之旅。旅途中，他们与形形色色的人相遇，演绎了一出出或令人捧腹，或催人泪下的人间悲喜剧。同时，他们也在这一段旅途中磨砺和改变着自己，任泽枫懂得了放下名缰利锁的牵绊，真心去爱，以及生活的真义；奶嘴男小胖蜕变成一个真正的男子汉；富家女龙雪娇则看到了生命的短促，学会了珍惜与担当。越战时期，奔赴战场的美国大兵途径香港时，会在湾仔停留，这让湾仔自1950年代末的数年间，充斥靠他们过日子的纹身师傅、小要饭、拿着照片找爸爸的“杂种”、阿飞及实为妓女的Bar女郎，形成特有的风情。　　Bar坊妈咪回乡找人做Bar女，家境贫寒、相貌不俗、个性倔强的赖水尾（夏文汐）和几个同乡姐妹从大澳渔村来到湾仔，开始卖肉生涯。起初，渔家女受到其他Bar女的嘲笑，但经过经验丰富的小伶玉（于倩）的一番调教，她们很快不输她人，易名水美丽的赖水尾更是出尽风头。风度翩翩却又年少轻狂的“杂种”Jimmy（黄秋生）幼年丧母，小伶玉将他养大后视作私有财产，不过Jimmy对她并无爱情，他心里只有不知身在何方的父亲。为Jimmy着迷的不止小伶玉一人，诸多Bar女只怪小伶玉将他看得太紧，他又不给她们揩油的机会。水美丽亦钟情于他。　　某次Jimmy被阿飞堵截，水美丽机智将他相救，又相告有心听来的他父亲的名字，两人瞒着小伶玉开始恋爱。后来水美丽为了他与小伶玉撕破脸，主动离开Bar坊，而找到父亲的他早忘记当初誓言，拍拍屁股去了美国。一家不要家家不要的行规令水美丽成为街头妓女，但小伶玉这个机会亦不给她，无奈之下她去了麻油地，几年挣扎，境况越来越糟。亏得性情相投的黑帮大姐大王英（叶德娴）相助，水美丽东山再起，短短几年更将生意做到了尖沙咀。　　随着越战的结束，湾仔渐成荒凉地，小伶玉亦变作风中残烛。水美丽念旧恩将她探望时，Jimmy恰好回港。听闻他是回港找妻，旁人都以为水美丽会与他再续前缘，对他早已死心的水美丽心底亦再泛涟漪，不料他早变作世俗之人，更将两人的感情忘得一干二净。其后水美丽有心将精力全部放在生意上，无奈时代风云不是她及待她若同性爱侣的王英所能把握。东海龙王之女海兰珠来到人间布雨，在龙王庙偶遇侦破命案的沂州府衙捕头陆海笙，海兰珠假装失忆留在陆海笙身边协助查案，却因自己不平凡的龙眼而招来杀身之祸。反派势力为了得到一双不会腐烂的眼睛，对龙眼虎视眈眈，使用连环计让男女主之间误会至深，与此同时，陆府的雨荷也因海兰珠的到来倍感嫉妒，希望赶走她使自己的生活恢复如初，能有机会与陆海笙相守，两人联合对海兰珠制造重重困局。最终海兰珠究竟能否拿回自己的龙眼？两人的情感又如何在危机四伏中破局呢？公元前496年，越王勾践被吴王夫差打败，为吴国囚。范蠡为救勾践，送西施、郑旦等秘密训练的美女前往吴国，完成刺杀夫差的使命。伍子胥一眼识破范蠡计谋，逐一击杀越国美女，最后只剩西施一人活下。死生契阔，那些如花美人，却不得不在芳华之季凋零。