表面上，玛丽莎·柯兹·威尔逊（杰西卡·阿尔芭饰）有着叫人艳羡的生活…嫁给了著名的特务追踪电视新闻记者，刚生下了一个可爱的小宝宝，还有一对聪明伶俐的继子继女，但其实玛丽莎是个退休的特务。　　当疯狂的时间控制者（杰里米·皮文饰）发出警告说要偷走时间并征服全世界的时候，玛丽莎的生活发生了翻天覆地的变化。继女瑞贝卡和继子塞西也被卷入了战争，而他们发现自己无聊透顶的继母居然是曾经最棒的特务。带着令人眼界大开的新奇装备，非常小特务们非常有可能依靠智慧再一次拯救世界，并且让全家人团聚。二十年来，前囚犯查理·桑德斯特罗姆(BaileyChase)一直梦想着能见到他的儿子，但在查理获释前在监狱里发生的冲突，使他儿子的生命处于极度危险之中。当查理在阿迪朗达克山脉高处的一个最安全的监狱里失踪时，他请了一名狱警(迪伦·贝克)来帮助搜寻，由于狱警有一段深刻而难忘的过去，很快他们就会发生冲突，时间将走向最后的沙漏……2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱，并一同登上了被废弃的进取号。为了避免被追击，斯科提还破坏了精进号的引擎。六名伙伴冒着毁掉毕生事业的风险，驾驶进取号航向创世星。其间，克林贡人得知了创世计划和创世星的消息。由于担心联邦将其改造为一种新式武器，克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰，去夺取或摧毁这一战略性的武器。在联邦星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道上进行着科学观测。他们很快便在地面上发现了生命形式，出于好奇心的驱使，他们俩传送上了星球表面并发现了斯波克空荡的遗棺。循着生命形式的读数，他们发现了幼年斯波克的活体：成长速度奇快，但却没有意识或灵魂。克林贡人在此时也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。不一会，进取号也抵达穆塔拉星区（MutaraSector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到瘫痪。由于克林贡人威胁将夺去人质的生命，柯克使用了一个计谋来重新掌控局势，但并未成功。戴维·马库斯随后被克林贡人杀害。由于没有其他的选择，柯克只得向克林贡人投降。柯克为了重新占据上风，冒死一搏启动了进取号的自毁程序。进取号的船员随后传送上了创世星，目睹着进取号在一片亮光中毁灭，同时也捎带上了克鲁格大部分的战士。柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他。由于创世星独特的力量，斯波克的遗体得以重生，并随着创世星衰老的速度迅速地成长。在离开不稳定的创世星时，斯波克刚好达到死亡前的年龄。在登上夺来的猛禽舰时，创世星开始了剧烈的爆炸。在沙瑞克的庇护下，猛禽舰抵达了瓦肯星。在经历了危险的“浮图邦术”仪式后，斯波克的灵魂离开了麦科伊的意识回到了自己的身体中。仪式最终成功，复活的斯波克开始重新回忆他的过去与朋友。他问进取号的船员们，为什么要冒着失去生命与毁掉事业的危险营救他；柯克告诉他，有些时候需要“牺牲大我，成全小我”。矿工卡苏里南（TuroPajala饰）工作的矿场停业，他只得驾驶别人送赠的敞篷凯迪拉克老车远赴赫尔辛基另谋出路。路上遭遇的一场抢劫让他身边只剩凯迪拉克和一台收音机，卡苏里南找到了码头力工的临时工作，但正职却迟迟无法落实。卡苏里南结识了在屠宰厂工作身带一个男孩的女工伊勒梅勒，两人的生活很快合二为一。但不久卡苏里南因向劫匪寻仇而入狱，室友米柯南精心策划了越狱步骤，在伊勒梅勒的协助下，卡苏里南重获自由。重案组沙展马军（甄子丹饰）致力抓拿犯罪分子，身手不凡的他由于抓贼心切常常出手过重。警方一直搜集越南帮兄弟阿渣（吕良伟饰）、Tony（邹兆龙饰）、阿虎（行宇饰）的犯罪证据，于是派出了华生（古天乐饰）以卧底的身份潜入他们之间。三兄弟为人心狠手辣，想铲除掉眼中钉阿山。阿渣被抓后，Tony也识破了华生的真实身份，要将华生以及其他证人通通杀掉，救出大哥。华生女友秋堤（范冰冰饰）被挟持，华生不得不放弃指证阿渣。华生与女友都抓走当人质，马军也带着阿渣去营救华生。玩世不恭的花花青年凉介（小泽亮太饰）没留神搞了黑社会老大的女人，他被对方当场抓获，之后更被逼着砍掉了小手指。在此之后，小手指被女孩桃子（我妻三轮子饰）捡到。桃子小学时代是个丑八怪，她一门心思地喜欢凉介，却根本不被对方接受。愤怒的桃子为此放火烧了凉介的家，此后更整容成萝莉以期得到心上人的欢心。桃子将小指带回家，通过令人匪夷所思的手段克隆出和凉介一模一样的男子来。克隆人对桃子言听计从，不过却想方设法要除掉本尊。直到某天，伤愈出院的凉介意外发现小指君的存在。他不由分说将小指君带回家，并逼迫小指君打工赚钱……