成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。一个年轻的女继承人之间必须在六个叔叔中选择一个，一个叔叔不怀好意，想要伤害抚养了女孩的心爱保镖。在静觉寺清幽严肃的环境中，空智大师（刘家辉）正主持佛学并教导一班小和尚勤练功夫，健体强身，惟当中肥仔清凉顽皮的性格街知巷闻，结果因贪玩gameboy而遭师父惩罚。心心不愤的清凉欲到空智房间偷回游戏机，得师兄清心（刘赐才）帮助才免被师父责怪。原来，两人一直希望走到外面的花花世界见识，就在一次机缘巧合下，清心与清凉流浪香港，并遇上女扒手Money（李婉华）。\n她眼见面前小僧功夫了得，且无家可归，遂决定暂时收容及教晓他们扒手技术，联同邻居小孩宝宝（李晓彤）一同出外揾食，可是小和尚行事时却乌龙百出，闹出不少笑话。不久，空智急忙到港寻找二人下落，怎知其身怀巨款之秘密外泄，惹来贵利王垂涎，实行掳走小和尚要协空智交出巨款。十八年前，一件失踪几百年的国宝重现江湖，却使得古玩老店叶家遭受家破人亡的厄运。年少的叶知秋背负着家族的仇恨，将自己化名为仇人的名字，踏上了寻仇之路。就当他一步步逼近仇人时，一个意外出现的女孩儿叶霜闯入了他的世界，并彻底搅乱了叶知秋原本井井有条的生活，使他彷徨不定。就在叶知秋准备放弃自己的行骗生涯时，却殊不知自己已经陷入了一个更大的骗局，在仇恨与亲情之间，在私人恩怨与民族大义之间，叶知秋将做出艰难的选择……在一个妖孽横行，天象大乱的时代，外星妖物侵袭而来。此时江湖上精通“奇门遁甲”之术的神秘组织“雾隐门”挺身而出，其首领老大、弟子诸葛青云、铁蜻蜓和雾隐七子等众人各怀所长。另一方面，诸葛青云途中寻找新一代掌门小圆圈之时，新晋捕快刀宜长为救铁蜻蜓亦被牵连在内。一时间，风云涌起，“天外来客”与“雾隐门”之间的正邪之战即将引发，一场新的奇幻危机正在来临……大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，平行存在于现实世界中的横浜。幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，期待着未来和他们擦出的火花吧。早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，从未见过的奥特曼出现了，他的名字是「迪迦」！昭和宇宙人和平成奥特曼激突！