故事开始于卧底警察潜伏黑帮，意外的坐上了黑帮老大的位置，不料被大毒枭设计一步步拖入公海的魔鬼运输船；恰逢此时，一支神秘的第三方部队正在展开他们的复仇之路，命运的纠葛从此开始。在三方力量的角逐中，激烈的搏斗、刀战、枪战、狙击战、遥控炸弹，层层升级步步惊心。在法与情，爱与恨，兄弟和女人之间，有些事情总要有人去做。故事围绕着三个中年男人展开，麦克斯是放射科专家，他对患者往往不是很在意，喜欢浪漫，但每段恋情都维持不了多久。保罗是风湿病专家，为人乐观开朗，他老婆卡琳不擅交往，每天看完书就睡觉，夫妻二人毫无激情可言。而西蒙则是三人中最富有的，他身为发廊的老板，身边美女无数。这三位好朋友本来相安无事，但随着西蒙将女友“错手杀死”，三人间的矛盾也开始渐渐浮出水面。他们原定一起去麦克斯家里聚会，但匆匆赶来的西蒙告诉保罗和麦克斯，他迟到的原因是杀了女友埃斯特尔，他因为怀疑女友出轨，所以反手勒死了她，尸体还在他房子的地毯上。这番言论让其余二人震惊不已。经过一番商量，保罗支持他去自首，但西蒙却不想因此入狱，所以他请求朋友们为他做不在场证明，因为埃斯特尔死于九点之后，只要朋友们说他在九点之前就已经赶到，那么警方就不会对他产生怀疑。麦克斯和保罗都认为即使是朋友也不能超越道德底线为西蒙做伪证，西蒙以死相逼，大家开始争吵，就在大家争吵的难解难分之时，麦克斯家的门铃被人按响，三人结束了讨论去开门，原来是麦克斯定的披萨到了，他们刚提到嗓子眼的心又放下来。西蒙开始试图用他们昔日的友谊让朋友帮助他逃避牢狱之灾，但他们又陷入了另一轮的争吵，一直到西蒙因为安眠药的药效睡过去。西蒙没有醒来，但麦克斯和保罗继续讨论着这件事的解决办法，但保罗却从西蒙的手机上接到了自己女儿的来电，并且在接通后女儿迅速挂断了电话，他对这件事便更加怀疑，因此大发雷霆，他认为女儿和西蒙一定有不可告人的事，他震惊的愤怒的讨论着各种可能，直到第二日他们都从睡梦中醒来。刚出狱的聂子华（吴启华）往深圳接人蛇落港，为一神秘女郎Amy（符钰晶）情诱，聂不能自拔。Amy旋即失踪，令聂难舍不已。聂所接的乃前身女武警章玲（王玮），与聂性情不合，但却在聂为她疗伤过程中发生了关系，玲对聂情根深种，可惜聂却无动于衷。炭哥（黄光亮）以前为聂的大佬，生性乐观，很替玲不值；而聂却一直追寻神秘女郎，因而多方面接近玲。聂终于找到了Amy，原来Amy是江湖大哥秋哥（江华）的情妇，性格反叛，多次玩弄爱情游戏，并用激将法来引聂追求自己。聂不惜对抗秋哥一伙人而去爱Amy。玲惟有伤心地离开聂，帮助炭哥重整酒廊，炭哥不敢去爱，只恼聂对玲无情无义，后还迁怒于Amy。秋哥终于找聂及Amy晦气，聂才知Amy玩弄爱情，悲愤之余欲杀秋哥，却被Amy举枪打死，玲知悉聂惨死，联合炭哥往找Amy报仇，众人斗得死去活来。文、牛及丰越狱后，被公安通缉，三人逃至中越边境的一个小农村，以为可以过些平淡生活，岂料一日农村被军队包围，三人被活捉，囚禁于一个集中营内。三人决定伺机逃走，怎料被守军发现，乱枪扫射，三人虽身中多枪却竟然能苏醒过来，原来这只是武龙将军之布局，因龙需要一些在档案上已死的人，替他执行秘密任务，文等人均被选中，只要替龙完成两项任务，便可以重生，并取得法国护照移居法国，否则便只有死路一条。一个失意的经纪人霍华德一直想签约一个好莱坞新星。一天他遇上了一位13岁的天才少女，他毅然决定一定要捧红这个聪明漂亮的小姑娘。然而这个小姑娘并不像她想象的那么无忧无虑，她的爸爸是一个酒鬼，一喝多了就会拳脚相向。霍华德不仅要解决女孩父亲的问题，还要面对好莱坞的激烈竞争，一个励志且温馨的故事即将上演！《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事。午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子始终无法走出抛夫弃子的阴影，在第一部中受食堂老板恩惠的小满收留老太太却不被理解，警察小暮一如既往地维护着街区的平静……他们将如何解开心结，走出困境，“深夜食堂”在灯火阑珊中见证着一切。