某夜，两帮黑道人物在进行一批珠宝钻石交易，双方各怀鬼胎想独吞，因而爆发激烈枪战，此时，阿威与同伙骑摩托车飞驰而来，黑吃黑，夺走了这批珠宝钻石。警方派干探林震亚与张金名侦办此案，限期缉捕阿威归案，以防黑道再次为这批珠宝钻石火并。黑帮老大鹏哥因珠宝钻石被而震怒，命心腹黑猴与铁皮追杀阿威。虽然阿威四面楚歌，危机重重，但他异常狡猾剽悍，每次均能化险为夷逃脱。古灵精怪的小扒手小虎与肥龙，扒窃遭追捕，惊险逃脱后，躲在废墟内分赃，无意中发现冷面杀手枪杀一名毒枭，夺走毒品。小虎与肥龙机警逃离，险遭冷面杀手灭口。数日后，黑猴奉鹏哥之命，前来与冷面杀手交易毒品，不巧又被小虎与肥龙撞见，引起拼斗之后，小虎与肥龙遭杀害灭口……一家生物公司为了研究不同物种基因的重组情况，于是派工作人员通过非法途径进入了一个生态保护地区，他们将在那里进行一系列生物基因实验。他们在那里抓捕了一只巨大鳄鱼作为培养皿，想通过这只鳄鱼培育实验室中的怪蛇。可是因为麻醉剂量不足，鳄鱼在实验中苏醒了，紧接着实验室就被疯狂的鳄鱼摧毁了，实验室的怪蛇也因此逃脱了。离这个保护区最近的小镇因为这两只怪物，几乎遭受了灭顶之灾，幸得小镇警长Reba找到了一个方法来消灭了这两个怪物，避免它们杀了整个城镇的人。圣约翰大学实验室女教授于胜男和科学家康华生结伴来至梧县，调查总探长洪涛的老友，狱警老苏州苏义，公报私仇杀害某黑帮头目的案子。案情扑朔迷离，老苏州也供认不讳，但胜男、华生二人通过缜密的调查还是发现该案的蹊跷之处。他们合力拆穿了作为目击证人刘小三的虚假证词，而刘小三为避免被周彪的狱中同伙杀害，恳求胜男二人帮他转到上海监狱，为此他愿意将“铁镜公主”的线索作为交换条件。铁镜公主数年前是名震上海滩的女杀手，她手段残忍，形迹诡异，始终不曾被警方抓住任何把柄。在梧县狱警小吴的配合下，胜男等人踏上押解刘小三的旅程。谁知更大的危险等在前方……菜鸟特工宋雨浓，崇拜着外冷内热的师兄谢醉桥，然而因为自己的鲁莽和生疏，频遭醉桥训斥，每次都被带着出任务，没有机会开枪。而狙击手谢醉桥因为特殊的能力和杀伐果断的性格、毫不仁慈，百发百中的枪法，被称为「艳火枪手」。一个重要通缉的危险人物，黑秒针，在在一次特工任务中闹翻了整个总部。提携宋雨浓的长官娄群面临质询，盛怒之下苛责宋雨浓不作为，宋雨浓负气追击黑秒针，每次都跟在醉桥身后的雨浓欲上前击毙敌人，不料不敌。谢醉桥为了保护宋雨浓暴露被杀。雨浓连尸体都来不及抢回便被队友救走，醉桥牺牲。宋雨浓再次醒来的时候发现这个名号居然被封在自己头上，没有人记得谢醉桥这个人，也没有见到谢醉桥的尸体。雨浓试图找到其中究竟发生了什么，来拯救师哥，去联系师哥有关的人，长官娄群，醉桥护理枪的店老板沙明，通过他们罗生门式的叙述，却发现，谢醉桥的死正是他的死亡造成的……多个轮回每个都指向了醉桥的死亡……经过与一十一（神木隆之介饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明饰）随女儿小润（森山树饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……本片为SPEC系列完结篇的前篇。六、七十年代的香港，警察贪污，黑道横行，正是陈华（刘青云饰）与喇叭（林家楝饰）、猫仔（张晋饰）及一班兄弟最风光的日子。陈华被视为「慈云山十三太保」之首，气焰高涨；还结识了一生至爱可柔（江一燕饰），共度人生最甜蜜的时光。可惜好景不常，陈华因私下贩毒而被帮会追杀，幸好在亦敌亦友的扫毒组组长哈雷（古天乐饰）帮助下，逃出生天，但却终究法网难逃。出狱后，遭逢父亲病逝及女友可柔失踪，无比自责的陈华，顿然觉悟前非，立志重新做人。他不但积极参与青少年戒毒工作，获得十大杰青荣誉；更把喇叭与猫仔拉回正途，又经常出手调停江湖纠纷，因而深受黑白两道所敬重。某次于日本出席戒毒讲座后，陈华与可柔在街头重遇。他一心再续前缘，但又能否轻易为自己的感情拆弹？