《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。本片设定在东京的一晚，一名时运耗尽的拳击名手利奥(洼田正孝饰)遇到了他的初恋莫妮卡(小西樱子饰)。莫妮卡是一名吸毒的应召女郎，但她依旧很天真。莫妮卡不知不觉陷入毒品走私计划之中，两人在这晚被不称职的警察、黑帮、利奥的对手以及三合会派来的女杀手追踪。两个情同姐妹的女中学生毕业后各奔前程：富家女独居别墅，贫家女进了训练班。贫家女的男友家明爱上了富家女，富家女出于道义婉拒；但在圣诞夜由于孤寂，两人发生了关系，事后富家女因内疚而自暴自弃。贫家女发现家明根本不喜欢自己，全心全意投入训练班的训练，取得优异成绩。但富家女没有出席她的毕业晚会，待她找到富家女的家里，只见富家女已经溺毙在游泳池中。公元1000年前后，部落首领巴德（亚历山大•莫顿AlexandaMorton饰）对于来历不详的独眼龙武士哈罗德（麦德斯•米克尔森MadsMikkelsen饰）百般刁难，非但不认为他是同族予以保护，反倒觉得他是受仇恨诅咒的危险生物，并一气之下宣判了他的囚刑。哈罗德被绑缚在旷野里受尽折磨。幸好，他遇到了10岁的机灵男孩阿尔（马尔滕•史蒂文森MaartenStevenson饰）。有阿尔营救，哈罗德方才脱离牢狱。两人结成生死同盟，踏上面向黑暗之心的逃亡之路。途中，他们登上了一艘努力寻找乐土的海盗船，但是大雾迷江。小船在海上漂浮了40天后，才达到了一片未知的土地。然而，在哈罗德等人登陆时，却中了土著人的埋伏，海盗们受到了可怕的诅咒，死伤惨重。小阿尔也不幸被俘。哈罗德在营救恩人的同时，逐渐拨开了自己的身世谜团……故事讲述的是1944年，青岛的共产党地下组织“北斗”为了保护一位带着苏联攻打日本关东军的密电的小女孩儿，与日本宪兵队、黑龙会、军统展开了一场激烈的生死对决。100年前的北加利福尼亚的安东尼奥海滩，患有麻风病的富豪布雷克希望在此建立一个小镇，将同样患有麻风病的患者集中起来治疗。然而他的爱心并未得到应有的回报，许多觊觎布雷克财富的贪婪之徒来到这里，伺机杀害了布雷克。\r　　100年后，当小镇人民举行百年庆典时，一团神秘雾气降临小镇，布雷克及其随从的冤魂从大海深处归来，所到之处人们尽皆死亡。神父罗伯特无意中发现其祖父藏在教堂墙壁中的日记，终于得知曾发生在100年前的惨剧……