自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（BillyConnolly饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验……本片为同名美剧的第二部剧场版。影片讲述大卫在海伦娜镇调查谋杀案时，却惊人发现了20年前杀害自己父亲的凶手亚伯罕。亚伯罕也将与大卫上演一出精彩对抗。在一次代号[猫王]研究中，由于博士朗（大卫帕玛饰）将爆炸范围估计错误，使得整个岛上除了研究所几名人员外，其它参与协助的十八名士兵悉数遇难。在军事法庭上，博士隐敝了这个乞讨密没有告诉法官，导致士兵直属长官布莱纳（彼德佛斯饰）被判刑。受一对夫妇在巴哈马偏远岛屿度假的真实事件的启发，讲述了在他们之后被一群海盗追杀的故事。出生在青森县乡间的21岁女孩本泽海空靠帮自家采摘苹果存下了88万日元的酬劳。正是渴望在大千世界闯荡一番的年龄，海空揣着巨款独自上京，寻求刺激。某天，海空偶然在电视上看到名模兼瑜伽教练KUMI的节目，这位美丽女子曼妙的身姿和慑人的气质深深吸引着这个操着津轻方言的乡下女孩，于是她鬼使神差来到了KUMI的瑜伽教室。\n镁光灯下和镜头前的KUMI永远是迷人耀眼的一颗明星，然而她为了取得今天的地位和荣耀也付出常人难以想象的辛苦。丑小鸭一般的海空依附着这个偶像，却没留神在光怪陆离的大都会丢失了身家财产。走投无路之际，KUMI对她施以援手，并引导着海空在瑜伽的训练中舒缓疲惫的身心。失去了住所的海空不得已住进KUMI的家中，她帮助偶像收拾房间，做好饭菜，令奔波忙碌的KUMI瞠目结舌。两个女孩颇为别致的同居生活就这样开始了……旧金山警察局接到报告，一个年轻姑娘被无辜射杀，凶手留下一封索要10万美元现款的恐吓信。警探哈里受命侦破此案。由于他性格孤僻、行动怪异，加上平时不检点，顶撞上司，有“肮脏哈里”的绰号。哈里设下陷阱诱捕凶手，不料事败，凶手又绑架了一少女为人质，索要20万元。市长决定答应凶手的要求，并派哈里把钱送去。怒不可遏的哈里将凶手打伤逮捕，但人质也被杀死。奇怪的是，凶手被认为是精神失常而被释放，他又劫一车儿童对市长进行威胁。哈里不顾上司的反对，单枪匹马追踪凶手，最后将其击毙。