法国的边境警察何塞得到一次升职的机会，只要完成最后一次作为边境警察的任务回来就可以调换部门。在和搭档盖押解一名叫卡拉州的犯人，将他驱逐出境回喀布尔的航班上，遇到气流迫降在马耳他。在马耳他阳光沙滩和美女赏心悦目的吸引下，何塞和盖放松了警惕，卡拉州趁机逃跑。几经周折，何塞在公海的一条船上抓住了卡拉州。来自香港的琳妮（杨丞琳饰）和乐仔（余文乐饰）以及其他4名男女朋友飞赴泰国旅游，感情出现问题的琳妮和乐仔原本想借此弥合矛盾，然而一切未见好转。偏偏赶上泰国动乱，6人未及玩耍，匆匆收拾行李直奔机场，机场又让示威人员占领。万般无奈，他们只好在一个古旧的小旅店落脚。街道上已然动乱不堪，这间旅店又似乎充满悬疑和诡异，年轻人们一度放松快乐的心情被搞得惊恐慌乱。在一起恐怖的事件过后，乐仔和其他两名男孩神秘失踪。琳妮等人四下寻找，不见踪影。从当地一个小孩的口中，她们听到一则令人毛骨悚然的讯息：乐仔等人竟被一个女鬼抓走……当年以演侠盗著称的动作巨星埃罗尔·弗林饰演绰号“海鹰”的英国海盗船长，在17世纪英国与西班牙作战时下令击沉了法国大使乘坐的军舰，并自行放走在舰上当奴工的一群英国俘虏，因而惹祸上身，但也因为他的正义和勇敢而赢得大使千金的爱情。三个孤儿院一起长大的孩子，命运跟他们开了个大玩笑，上演了一场警察与匪徒的对杀戏码，最终在对方的枪口下死去。纳粹时代结束十二年后，大多数公民还在纳粹政权的恐怖阴影中。总检察长弗里茨·鲍尔一直致力于纳粹罪行的举报。根据1957年的线索，他找到了前党卫军阿道夫·艾希曼的下落，鲍尔希望将艾希曼绳之以法。但他反复受阻，高级检察官乌尔里希和BKA员工保罗·格布哈特一直破坏鲍尔的进程……掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLEPLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。　　在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？