在阿拉斯加的北部，北极圈内，一家石油公司的小分队正在紧张工作以尽快建立钻井基地，大规模的生产破坏了这片神秘土地的宁静。随后，一名成员莫名其妙的死亡。接下来，大家陷入了恐惧之中，死亡接踵而来……两个单纯善良的女孩因想摆脱乡下生活，来到台北参加健美比赛，因在训练中与教练发生争执离开健身房。后来为了生活沦落到在舞厅表演。因而结识了各路人，也找到了各自的意中人。在警歹决战中他们的“大哥”亡命了，而她们依旧得继续走天涯……伦敦的夜晚最近很不平静，有三位女子在深夜被杀害，她们的手指也被切去了，这引起了很大的轰动。在警察加紧追查的时候，竟然又有女子被杀，情况相同。又到了福尔摩斯出场的时刻了，这时有位富商之女去见福尔摩斯，她发现她的父亲是嫌疑人，正当福尔摩斯赶去她家的时候，却意外地发现她父亲已经死了。种种证据显示此案是已经死的摩日阿提所为，将别人催眠再利用他们杀人。这时，福尔摩斯遇到了一位穿着绿色衣服的神秘女子。他觉得她与此案有关。在经过调查之后，福尔摩斯深入敌穴，然而这次福尔摩斯是否能够化险为夷呢？《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事。午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子始终无法走出抛夫弃子的阴影，在第一部中受食堂老板恩惠的小满收留老太太却不被理解，警察小暮一如既往地维护着街区的平静……他们将如何解开心结，走出困境，“深夜食堂”在灯火阑珊中见证着一切。掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLEPLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。　　在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？本片的故事其实从波斯湾战争结束才开始。四名美军因为从伊拉克战俘的屁眼中发现了一张萨达姆秘密碉堡的地图，决定偷偷到碉堡夺取一批抢夺自科威特的黄金，只要此举得手，退伍回国就可以高枕无忧。他们本来以为此行轻而易举，不料各种意外接踵而至。