美国尼米兹号，一艘从二战时期就经历无数战火的老牌航母，在还有6个月就正式退役的时候，尼米兹号接到一条命令，要求他们从沙特海军基地赶往伊拉克附近海域。原来在该地点有一艘隶属美军的425船，它在联合CIA进行清剿恐怖分子的行动中突然与基地失去联系。一支搜查小组乘坐直升机登上这艘船，发现船员全部死亡，死因不明，更为奇怪的是这里还有陆军和空军的尸体。经过仔细搜查，他们找到一名生还者——长官约翰·威廉姆斯（LanceHenriksen饰）的儿子克伦（加里·斯特里奇GaryStretch饰）。搜查小组发誓找到这个残忍的凶手，却不曾想自己正踏入死亡的黑色漩涡中……外科主任王冶文的女友夏雨柔参拍一部电视剧爱上了导演，二人只好分手。刚调进医院的朗婷婷极为喜欢王冶文，副院长鲁侃从中作伐。年轻的外科女医生姜玲对王冶文暗恋已久，刚从烦恼中走出来的王冶文虽然一心全在病人身上，但美丽纯洁的姜玲慢慢打动了他的心。王冶文值夜班，朗婷婷常来陪他。朗婷婷买了两张歌舞票请王冶文去剧场娱乐，王冶文把歌舞票送给食堂司务长小曹，自己跑去病房抢救病人。朗婷婷见姜玲从中插手，便毫无节制地向王冶文靠近。但机关算尽，王冶文始终和她没有水中鸳鸯成双对的意思。朗婷婷知难而退，在王冶文的巧妙安排下和司务长小曹好上了。两个月后，王冶文、姜玲和小曹、朗婷婷双双在一家酒店共同举行婚礼。在欢快的音乐声中和客人们哄笑声中，两对新人向客人们一一敬酒……该剧讲述了一群青年男女，为了成为行业内顶尖的安全顾问，来到孤岛进行训练考核，然而攀爬射箭格斗飞刀，各有所长的学员们在训练中却频现意外，一时间岛上众人被笼罩在阴影之中。受邀来为学员做心理辅导的夜大为何没有再见则开始从心理学专业出发，顺藤摸瓜寻找真相过程中，学员伤亡事件仍不断发生，二人的调查看似毫无头绪，却一步一步将凶手引入了一场精心策划的局中局。茜茜莉和乔治姆是一对感情甚笃的情侣。然而，就在两人准备结婚的前夕，乔治姆在一次意外的车祸中被撞成了终身瘫痪，　　这对于茜茜莉来说无疑是一次精神上的巨大打击。虽然肇事者玛瑞女士不是故意，但面对从此将在病床上躺一辈子的乔治姆，玛瑞就陷入深深的自责和内疚不能自拔，尤其是看到因此而失去幸福婚姻的茜茜莉，玛瑞更是如坐针毡、心如刀绞。　　得知自己终生残疾的事实后，乔治姆开始疏远每天都来医院看望的茜茜莉，并试图用沉默和辱骂来赶走茜茜莉。为了能帮助茜茜莉从精神的痛苦中尽早走出来，玛瑞让自己的丈夫、乔治姆接受救治医院里的医生奈尔斯来安慰茜茜莉。但让玛瑞没有料到的是，在几次长谈和散心后，精神几乎濒临崩溃边缘的茜茜莉和自己的丈夫相爱了。　　女儿斯蒂娜的跟踪发现了奈尔斯和茜茜莉的关系后，奈尔斯觉得已经没有继续瞒下去的必要，并毅然决定离开家庭，来到茜茜莉的身边。此时，乔治姆从医院打来的电话，让茜茜莉发现自己真正最爱的还是乔治姆。出于对茜茜莉未来爱情生活的考虑，乔治姆鼓励茜茜莉去寻找新的幸福，而此时的奈尔斯在妻子的原谅和孩子的哀求面前，已经决定离开茜茜莉。从医院里出来，茜茜莉徘徊在霓虹闪烁的街头，茫然不知爱的归宿。34岁的女记者南希，在列车上认识了一个女孩，女孩手头有一本书，是她准备去相亲的接头暗号。女孩把这本书留给南希，自己另买了一本。列车到站后，南希企图将书送还，不料女孩踪影全无。南希拿着书，在伦敦滑铁卢车站大钟底下正左顾右盼之际，被40岁的网络销售经理杰克错认为是相亲对象。南希将错就错，两人开始了交往。《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事。午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子始终无法走出抛夫弃子的阴影，在第一部中受食堂老板恩惠的小满收留老太太却不被理解，警察小暮一如既往地维护着街区的平静……他们将如何解开心结，走出困境，“深夜食堂”在灯火阑珊中见证着一切。