小夫妻张谦（印小天饰）和陆茵(黄奕饰)在高速公路旁经营一家小餐馆。深夜，张谦骑车回家，因接到陆茵电话，没留意路况，被许城亮(古天乐饰)驾驶的货柜车撞到。张谦死亡，赶来医院陆茵发现自己怀孕，却决定生下孩子，重开餐馆经营。城亮对车祸心存愧疚，事隔数月，鼓起勇气走进陆茵的餐馆用餐，更在女友苏珊(莫文蔚饰)体谅下，主动帮忙店内杂务，两人渐成好友。后陆茵发现城亮就是撞死丈夫的司机，着城亮被张谦弟张军痛打致重伤……城亮回到家中与苏珊矛盾加深，发现两人之间已存在差异，经常大吵。陆茵进院生产，城亮守候照顾，陆茵感动，但她深信城亮只是责任，后把餐馆结束，带儿子回家乡重过新生活，并请城亮回到苏珊身边。但城亮却发觉一切都不复从前，最终跟苏珊分手。半年后，城亮再回国内找寻他相信的东西，去餐馆找陆茵，却发现已经人走楼空……马唐是一个普通的车夫，为了给身患绝症的女儿筹钱手术，他不得不听人指使，将一个年轻女警官的尸体带到塔兰河处理掉，这对一向中规中矩的马唐来说实在是一件棘手的事情。然而更糟糕的还在后面，一个受伤的名叫许幽的女警察搭上了马唐的车，要他带自己去桑洲城追捕杀人不眨眼的杀手\"鬼刀\"。\n马唐一路和这个女警察周旋着，想方设法不让她注意到马车后面藏着的尸体。在一家客栈歇脚时，一张无意中瞥见的通缉令让马唐毛骨悚然：原来许幽才是那个杀人不眨眼的\"鬼刀\"！\n在路旁休息时，马唐趁许幽不备想要袭击她，没想到许幽却有如脑后长眼，三下两下将马唐掀翻在地，马唐走投无路之下亮出了藏在马车后面的尸体，叫嚣着说自己也是杀人犯，警告许幽不要为所欲为。\n许幽没有杀马唐，让马唐继续赶路。而当马唐收拾马车准备重新启程时，油布下的一只手忽然紧紧的攥住了他，马唐这才发现躺在马车后面的那个女警察原来根本没死。马唐深知两人不是许幽的对手，只得让女警察楚江亭一动不动的继续躺在车里。\n马车继续前行。路上，马唐向许幽说了女儿患病以及自己被迫处理尸体的经过。许幽感慨自己也有一个慈爱的父亲，这回就是想让马唐送她再去看一眼父亲。相处中，马唐渐渐发现许幽冰冷的背后也有着一丝不愿显露出来的温暖，他开始慢慢同情起这个女凶手。\n夜晚投店休息时，马唐夜里悄悄爬起来想要放走趟在马车后面的楚江亭，却被许幽发现。许幽执意要杀楚江亭灭口，马唐百般劝阻，许幽最终心软答应放过楚江亭。可没想到楚江亭却并不领情，她出人意料的用手铐一头铐住许幽，一头铐住马唐，自己则驾车直奔警局。\n然而半路上却再度遭遇不测，一群冒充\"鬼刀\"的土匪拦住了马车想要抢劫，危急时刻三人联手击退了土匪。楚江亭自觉理亏，答应带许幽回桑洲城去看父亲最后一眼，然后再带他们去投案自首。\n三人驾着马车终于抵达了桑洲城。楚江亭和马唐本以为将要见到一场父女挥泪离别的场景，没想到许幽却出人意料的举枪对准了父亲……人头攒动的法租界闹市街头，一名慌张的男子当街遭人毒杀。老虎探长钟朗\n和美丽女教授于胜男赶到现场，通过缜密的勘察推断出死者身份和受伤情况。令人难以置信的是，押送尸体的车遭到数名持枪蒙面人袭击，不仅尸体被抢走，甚至导致小笼包等几名巡捕遇难。韩非不在身边，钟朗只能和老孔展开调查。与此同时，康华生出现在胜男面前。不久，老孔在江边发现被开肠破肚的死者。顺着残缺的线索，钟朗他们终于查到死者的真实身份，然而却由于敏感问题被阻挡住了去路。为了给遇害的巡捕们报仇雪恨，钟朗他们展开了凶险非常的独立调查……小娴天生脸上有一块大胎记，为此只能找很低工资的工作。丁丁是她养的宠物蛇，由于没钱，只能每星期喂蛇喝自己的血。实际上小娴的胎记是天符，她的血可以助妖精修成正果，为了得到她和血，双性魔用各种办法，但却被已经修成正果的丁丁发现，为了保护自己所爱的女主人，丁丁和双性魔展开了一场惊心动魄的战斗.在基冈总统被暗杀的19年后，他的兄弟尼克发现一个自称是杀死总统的杀手亚瑟。他在临终前向尼克忏悔曾经的所作所为，于是尼克根据杀手提供给他的线索开始追查他兄弟谋杀案的真相，他行动的同时，还要避免他那个富有而专横的父亲限制他的行动。于是他根据线索来到了在费城的犯罪现场，之后又渠道纽约、加利福尼亚和华盛顿哥伦比亚特区去调查。期间，他找到了和总统相关的人，包括一个游戏迷道森，一个黑帮老大，一个夜总会老板乔，一个古巴黑手党头目弗兰克还有一个计算机开发者和臭名昭著的华盛顿夫人。为了调查，尼克不得不深入了解他这个同父异母的兄弟在生活和政治中的秘密，而他询问过的所有知情人都被不知名的杀手暗杀，而一个神秘的骑着自行车的女子总在案发现场出现。他的父亲开始不断的阻止他的调查，以免他也会像那些人一样被暗杀。《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事。午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子始终无法走出抛夫弃子的阴影，在第一部中受食堂老板恩惠的小满收留老太太却不被理解，警察小暮一如既往地维护着街区的平静……他们将如何解开心结，走出困境，“深夜食堂”在灯火阑珊中见证着一切。