《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。故事中的五位女主人公在一堂手工课上相遇，相处得很愉快，于是便相约每年聚会一次，共度一个只有五个人在一起的周末。聚会地点为玛丽父母在郊区的房子，玛丽因年轻时被侵犯，在此疗伤。一个陌生人的闯入改变了这个夜晚，女生们为了自卫，失手杀害了这名男性。第二天，正当她们想要商议如何解决此事之时，又有一名叫马雷克的男性出现在庄园里，声称自己的哥哥走失了。马雷克与玛丽互有感觉，一晚，玛丽来到马雷克的房间，无意发现马雷克便是当年侵犯她的人，便匆忙逃离。第二天玛丽与马雷克摊牌，马雷克看到玛丽因自己的行为不敢处于人群多年，诚挚向玛丽道了歉。周末就此结束，几人才得知两人是在逃犯人。玛丽因道歉得到了救赎，也驱车离开了山区开始新的生活，收音机传来两名犯人均已落网，一切回归如常。高中生萨迪正在为了在两周后的世界末日到来做着准备。她列好清单，并且有条不紊地进行着，也拒绝一切的舞会活动。但没人相信她。她逐渐被大家所孤立，包括她最好的朋友布伦娜。随着“末日”越来越近，一次地震让大家都相信了末日的传言。大家都在跟身边爱的人告别，萨迪决定参加由泰迪组织的告别舞会。正是因为这样一场“末日传言”，大家意识到了应该珍惜生活的真谛。小混混徐家宝为了给相依为命的妹妹做手术，联合女飞贼李安然、宅男发明家德扑高手刘夏，潜入豪华游轮，借参加黑帮年度赌局的机会，帮助国际刑警盗取黑道大佬爆炸哥的犯罪证据，为国际刑警捣破跨国犯罪集团。徐家宝跟两位拍档之间从互相欺骗到坦诚相告，徐家宝从自私自利的小混混成长为一个有情有义对同伴不离不弃的草根英雄。二战后的某个冬夜，在北海道的渡轮上，性格张扬的复员兵赤间（三船敏郎ToshiroMifune饰）遇到了宅心仁厚的龟田（森雅之MasayukiMori饰）。赤间被龟田的简单真挚打动，于是二人成了朋友，赤间对龟田讲述了自己的一段旧日恋情，博得了龟田的同情。在某商店的橱窗口，两人驻足停留，只为一幅女明星的画像。赤间觉得女人笑得灿烂而阳光，龟田却说从中看到了她的苦闷。龟田来到大野家寄宿，得知大野即将成婚。事实上，他真正爱的是新娘的妹妹绫子，但为了60万日元甘愿违心接受婚姻。绫子的性格直爽，爱憎分明，她通过大野托龟田传来的书信认清了对方的本质，转而对善良的龟田产生了好感。在大野夫妇上门认亲的时候，赤间意外邂逅了旧日恋人妙子（原节子SetsukoHara饰），一场没有硝烟的情感战争从此打响……影片剧情承接第一部，该系列主要探讨的问题有信仰、道德、宽容和常识。位于美国一所小镇迷人的小街尽头，有座神秘的房子。这座房子早在人们还记得之前就已经在那里了。然而，当人们一旦真正理解它意味着什么的时候，就会发生不可思议的事。