《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。越战后，退役越军阮力（周润发饰）辗转来到香港靠杀人为生，期间遇上佩琳（关之琳饰）并成为情侣。然而一次行动中，阮力奉命要干掉佩琳父亲，之后他的上司坚得知佩琳对其生疑，故下令阮力杀佩琳以灭口。阮力带佩琳逃走，坚下令追杀二人，期间佩琳得悉阮力乃杀父仇人，伤心欲绝，阮力为让佩琳亲报父仇，假装开枪杀她，佩琳开枪还击，力含笑倒地……一个失败的工程师，却是一个天才发明家，以修理咖啡机谋生，整部电影追溯了他过往的人生。在一副未完成的画中，画中的人搞起了等级社会，画全人歧视没画完人，更不把线稿人放在眼里。画之国的城堡被画全人蜡烛大帝所掌控，他把没画完人和线稿人驱逐到森林中。画全人拉莫和没画完人克莱尔相爱，遭到了蜡烛大帝的追逐围捕。机缘巧合拉莫遇上了克莱尔的朋友罗拉和线稿人布吕姆，三人被追到了食人森林里。他们决定去寻找消失的画家，让其完成这幅未完成的画，为没画完人和线稿人涂上色彩。在寻找的路上，三人跌出画中，来到了画家的画室。邂逅了闲卧窗边迷人的夫人、脾气不太好的画家自画像、语速很快的蓝色小丑。他们穿梭在画与画中，在威尼斯的狂欢节里奔跑，遇到死神的追逐，最终回到了画室，虽未找到画家，但得到了画画的技巧。\n而另一边，克莱尔被捕，没画完人和线稿人被拉去做劳工，蜡烛大帝在着手一场仪式，得到颜料和技巧的拉莫一行人回来的道路险境丛生，最终他能否赋予没画完人和线稿人色彩呢。70年代初，我东南沿海朝阳市，在国庆节到来之前，准备接待一批外国朋友和台湾侨胞。蒋匪出动“黑鸟”军用机，潜入白沙岛，妄图进行骚扰和破坏。浪花岛指导员杨平带领九连与民兵，保证雷达正常运转。敌人却大放电磁干扰。特务黄占海把干扰机放到台湾渔船上。我军查获干扰机，杨平得知船老大全福是他母子20年前的救命恩人，并确认查获的干扰机不是掩护“黑鸟”的那台。全福提供线索，终于搜出黄占海的干扰机。一无是处的胖妹蒋芜，意外得到神奇手环并获得“星期8”时间，通过手环，冒充天使，追求校草，作弊伪装，成为学校风云人物。然而手环被偷导致一切虚假成功化为泡影，蒋芜终于明白，魔法的意义是成长而非佯装。