一位基因科学家成功地克隆了第一个人类，一个名叫伊丽莎白的女婴，但是他的工作很快就受到了一个黑暗秘密的威胁，这个秘密威胁着他的一切和对他珍贵的每一个人。《我的西门小故事》讲述一个45岁住在台湾的纪录片法籍导演，一直有个拍剧情片的梦想，然而实际上，他除了案子被取消，也几乎身无分文，甚至跟老婆起了冲突。一天晚上，与朋友的聚会结束后，返家却发现他被妻子反锁在外，他忿忿地离开，独自在西门町游荡，这对尚若白来说是个重要的晚上，因为他遇到两位女子，让他的故事在西门町继续走下去。黑帮头目威叔招揽了狂龙(郑浩南)及小虎(尹天照)入其帮会，两人在一次毒品交易中被警察埋伏，龙逃脱而虎却被捕狱。五年后，小虎刑满出狱，威叔女儿小婵(麦家琪)拒绝让他回巢，虎只好投靠敌帮头目飞哥。飞哥声势日渐浩大。龙主动找虎，虎责怪龙当年出卖他，龙却声称威叔军师傻豹(海俊杰)才是二五仔。虎用计从小婵那边抢走大批毒品，威叔亲自出面与飞哥谈判，飞哥要求威叔用一批军火来交换……邻埠高级长官荣大刚结束了对香港的访问即将离开，然而在机场，突然出现杀手行刺荣。荣大刚身中三枪生命垂危，张志诚警司（任达华饰）将逃跑时坠楼的女杀手逮捕。随后此案被交给总督察姚天明（方中信饰）负责，坠楼的女杀手北条真理（白田久子饰）短暂失忆，不能提供任何线索，而姚天明的家人却被一队由“奥多桑”（千叶真一饰）带到香港的国际恐怖分子劫持，因担心儿子安危，姚天明只得暗中服从恐怖分子，假意将北条真理杀死，而实际却带走了北条，希望从她处得到恐怖分子的真实身份以及解救自己的儿子。警方对姚天明的“背叛”反应迅速，张警司通缉姚和北条二人。原来北条从小被奥多桑拐走收养，并培养成冷血杀手，这次行刺行动中，北条只不过是阵前的烟雾，真正的幕后杀手另有他人……今次故事發生於工廈區，一班音樂人及舞者為了較平租金已進駐工廈，漸漸形成一個藝術家社群，一天他們收到一份奇特的工作邀請，將於龍城工廈區定期表演。各人的仕途、家庭、人際關係以至愛情，均因參與這項計劃而發生變化，一場「義利間的鬥爭」隨即展開……心怀江湖梦的小铁匠吕三思偶遇自己崇拜的大侠百里无忧，替大侠押送西厂女鹰犬何青缨，可何青缨却说出另一个版本，她其实是受西厂迫害的义士，那百里无忧才是出卖义士的走狗！疑点越来越多，孰是孰非需要吕三思做出判断。女鹰犬可能不是鹰犬，而大侠可能也不是大侠，忠奸难辨，从未涉足江湖的吕三思发现，这个江湖与自己想象的全然不同。