影片的焦点是一个有道德意识的刺客奎因。他的下一个目标是一个名叫塔莎的俄罗斯移民，奎因被误导，认为他是个毒品信使。在奎因监视塔莎的时候，他正计划着杀死他的最佳时机，他变得迷恋她的美丽和纯真。最终，奎因从另一名刺客手中救出了塔莎，并把她保护起来。两人联手找出谁想要她死，还有为什么。在这个过程中，奎因发现了他的过去的秘密，与内心的恶魔斗争，使他成为今天的人。银行小职员温文与妻何美德结婚多年，从没有真正停下来休息，文决定用积蓄与妻到广西旅游，借此偷闲一番。怎知，他们却参加了一个专偷运国宝之旅行团。行程中，公安发现了他们的偷运行动，领队彼得遂将国宝放在文之旅行袋内，欲嫁祸文，并哄骗文代为认罪，假称只是罚钱便会释放。文受骗入狱，与囚犯丁牛与邝伟丰结成好友。文得悉妻美德因欲为救文出狱，往找奸商姚星帮忙，但反被姚所奸杀，于是请求牛、丰及青等协助逃狱，去找姚星寻求真相及为妻报仇。肖恩，一个孤独的骑手，同时也是个毒贩子，长久以来都被被一群二流子和荡妇环绕。直到有一天，他遇到了他的真命天女。本该是生活的新起点，没想到却是一次致命旅途。一个漆黑的夜晚，私人侦探迈克在高速公路上遇到一个女孩拦车。这个女孩只穿着一件军用大衣，他把她接上了车。不久，他的车子发生了意外，冲出了路边。他在昏迷之中，听到了那个女孩被折磨致死。在被扔下悬崖大命不死后，他决心自己追踪那些凶手，而不顾重重的威胁和贿赂。在这个过程，他找到了很多离奇的线索，还有一位奇怪的女孩，最终面对一个致命的秘密。在野外徒步旅行时，五位好友遭到神秘枪手的都追杀，陷入一场绝命逃亡之战2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱，并一同登上了被废弃的进取号。为了避免被追击，斯科提还破坏了精进号的引擎。六名伙伴冒着毁掉毕生事业的风险，驾驶进取号航向创世星。其间，克林贡人得知了创世计划和创世星的消息。由于担心联邦将其改造为一种新式武器，克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰，去夺取或摧毁这一战略性的武器。在联邦星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道上进行着科学观测。他们很快便在地面上发现了生命形式，出于好奇心的驱使，他们俩传送上了星球表面并发现了斯波克空荡的遗棺。循着生命形式的读数，他们发现了幼年斯波克的活体：成长速度奇快，但却没有意识或灵魂。克林贡人在此时也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。不一会，进取号也抵达穆塔拉星区（MutaraSector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到瘫痪。由于克林贡人威胁将夺去人质的生命，柯克使用了一个计谋来重新掌控局势，但并未成功。戴维·马库斯随后被克林贡人杀害。由于没有其他的选择，柯克只得向克林贡人投降。柯克为了重新占据上风，冒死一搏启动了进取号的自毁程序。进取号的船员随后传送上了创世星，目睹着进取号在一片亮光中毁灭，同时也捎带上了克鲁格大部分的战士。柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他。由于创世星独特的力量，斯波克的遗体得以重生，并随着创世星衰老的速度迅速地成长。在离开不稳定的创世星时，斯波克刚好达到死亡前的年龄。在登上夺来的猛禽舰时，创世星开始了剧烈的爆炸。在沙瑞克的庇护下，猛禽舰抵达了瓦肯星。在经历了危险的“浮图邦术”仪式后，斯波克的灵魂离开了麦科伊的意识回到了自己的身体中。仪式最终成功，复活的斯波克开始重新回忆他的过去与朋友。他问进取号的船员们，为什么要冒着失去生命与毁掉事业的危险营救他；柯克告诉他，有些时候需要“牺牲大我，成全小我”。