城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克饰）、拉斐尔（阿伦·瑞奇森饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。由于国防部拥有的一批高科技芯片被盗，于是便暗中将案件交由张警官作秘密调查。1986年，有一名精神错乱的人和他的妻子进入一所柯克维尔的小学，诱导学生和老师聚集到了一间教室。他们带着枪和自制炸弹挟持了学校里所有人。他们的女儿意识到事情严重性，假装退出并报警。很快消息在小镇上传开了，所有人都为学校里的老师学生担忧。老师和校长的多次与绑匪沟通一直在努力争取时间，而不知道害怕的小朋友也一直在挑衅的着绑匪的耐心和情绪，时间一点一点的过去，绑匪的情绪也变得不稳定，终于在两个小时候后，炸弹爆炸了，但只有两名犯罪者死亡，其余的人质虽都受伤，但都幸存了下来。真正的故事发生在这次绑架事件后几天和几周内，一些小孩子开始告诉他们的父母，他们能在爆炸中成功逃离的原因，是因为当时房间里有一群穿着白色衣服的人在告诉他们如何咱们做，并保护了他们。马提亚斯·布雷彻侦探受雇追踪最恶劣的南部联盟战犯。当他徘徊在旧西部寻求正义时，他的决心受到了考验，因为他遇到了一位意志坚定的先锋女性，她远比表面上要坚强。包祖仁（张达明饰）是一个坐吃山空的纨绔子弟，偶尔的机会让他被人误认为名状师，凭着小聪明打赢了两场官司，结果弄假成真，被村民奉若神明，欲脱身不能。不得已之下，他只好发愤进行魔鬼训练，终于熬成“民间第一状师”。韦氏生化城最近发生连串离奇失踪案件，令员工陷入一片恐慌，坊间流传失踪者被吸进异度空间，所以很多员工拒绝上班，因此韦氏生产陷入瘫痪状态，韦遂致电铁男求助。铁男首先向目击者祖儿了解事件经过，她也对异空间之说深信不疑，铁男对此抱怀疑态度，及后发觉其中几名员工有可疑，可能是幕后黑手。于是继续向其他目击者录取口供，发现所有人都不是亲眼目击而是道听途说，于是展开深入调查……