1975年夏，祖国西南边疆某地蛇灾蔓延，军民、畜禽时常罹难早先施用蛇药突然失效，情势非常严重。蛇学家、归国华侨牛玉声奉命率领一支考察队急切奔赴灾区。在调查研究的基础上，牛玉声认为，有一种黑眼镜蛇出没在这一带，它正是考察队觅寻的新蛇种，其毒液是研制新蛇药的原料。他建议考察队迅即奔赴毒蛇活动猖獗的国境线附近寻捕。李钧是考察队中\"另有使命\"的队员。他受命暗中监视牛玉声，对牛玉声一举一动抱有怀疑和警惕。李钧的恋人田甜，是一个纯洁、开朗、活泼的姑娘。她担当了考察队的向导。她不满李钧对牛玉声的监视。某日，牛玉声追踪黑眼镜蛇至国境界碑处，李钧持枪以企图越境的\"叛国者\"的罪名将他遣返回去。田甜气忿不已，断然与李钧分手。为了研制新蛇药。牛玉声继续工作。这天，考察队又发现了一条粗大的黑眼镜蛇。为了生擒毒蛇以取毒液，牛玉声奋力与毒蛇搏斗，不幸，凶猛的毒蛇将毒液射入他的眼中。田甜忿然砍死了毒蛇。牛玉声为失去这条活蛇而严厉批评了田甜。急救车载着牛玉声和田甜等几个护送人员，冲开雨雾，在公路上疾驰，田甜为自己的过失而负疚，决心补救这个损失，于途中跳下汽车，消失在茫茫雨色中。牛玉声被送进医院，主治工程师恰是田芳。牛玉声得救了。田芳告诉丈夫，女儿正是田甜。牛玉声的心里发出对女儿深沉的呼唤。此时，田甜被毒蛇咬伤，正晕倒在森林里，她的身旁蠕动着被擒的毒蛇。牛玉声及时赶到，把她救起，并生擒了毒蛇。新蛇药使田甜美丽的眼睛重新张开了。历尽坎坷的牛玉声一家团聚了。然而命运又一次驱走了刹那的欢榆，李钧奉命来逮捕牛玉声。牛叮嘱妻女：\"等着我……\"他坚信，乌云散去，即是朗朗的晴空。《深夜食堂2》延续该系列的治愈系风格，上演着美食诱惑和一个又一个普通但耐人寻味的故事。午夜12点“深夜食堂”开始营业，老板沉默可亲、厨艺精湛。这间充满人情味的小店成为大家觅食聚会、憩息畅谈的避风港。心情低落时就会穿“丧服”减压的赤冢范子接连遭遇了工作和感情双重打击；高木清太爱上比自己大十几岁的女人而与母亲发生冲突；老太太小川夕起子始终无法走出抛夫弃子的阴影，在第一部中受食堂老板恩惠的小满收留老太太却不被理解，警察小暮一如既往地维护着街区的平静……他们将如何解开心结，走出困境，“深夜食堂”在灯火阑珊中见证着一切。这里讲述了一个患有精神分裂症的心理医生试图帮助一个躁郁症女孩走出内心阴霾，又同时完成自我的救赎的故事。心理医生韩东因为童年的阴影和病人去世的影响，导致精神分裂，从而面对医院的停职和强行治疗。韩东逃出医院，落魄的他在城市中承受着人们异样的眼光，颠沛流离，只为实现病人橘子最后的念想。然而事实总不如愿。韩东遇到了同样被生活折腾得支离破碎的女孩林可馨。可馨从小父母离异，母亲跟了别的男人，奶奶车祸过世，只留下金毛犬好帅跟她相依为命，以卖饼为生。韩东与可馨相遇相识，他渴望帮助可馨走出悲痛，也希望能因此实现自我。他仅仅是需要一个没有偏见的善意，需要有一个人来认同他的观念和行为，做到真正的信任和理解。该片讲述了南粤城市清江市刑侦支队干警抓获以该市某银行行长为首的一伙制毒贩毒犯罪分子的过程。故事以“一个体内藏毒的女子在街上被一群小混混追赶、并因体内毒品包装破裂而当街暴毙”的情节开始。正当刑侦支队队长王海涛和副支队长郭星(男女主角)带队侦查此案时,另一起绑架案也接踵而至。该市文化局长因对文化局的一块空闲土地公开招标开发权而得罪某一贸易公司,该公司幕后老板指使手下将其绑架。刑侦支队决定两案一并调查,并在绑架案调查中意外发现文化局长被绑架的地方竟是制毒基地,原来,绑架案和毒品案乃同一伙人所为。侦查过程峰回路转,刑侦支队联合特警与犯罪分子经过一场激烈枪战后将犯罪分子全部抓获,逮捕幕后黑手———某银行行长。双案告破,大快人心。某邮局发生枪案，歹徒得逞后，反被司机暗杀，司机丢下蔷薇为质扬长而去，次日劫款出现在孤儿院乐捐活动上，刑警张彪负责全案的侦察工作，好友罗记者也帮忙从各方搜证，对酒店老板娘白薇薇产生怀疑，但苦于无确认证据，案件调查一直无法进行下去......扒手鹏（李子雄饰）和强（郑浩南饰）因为和为了凑钱与聋哑女友慧心（罗美薇饰）结婚的飞贼伟（郭富城饰）同时盯上了一条项链而不打不相识，项链最终被当地黑道小头目抢走，而三人也结为异性兄弟。因感警察不会被黑道欺负，三人投考警员，而最终只有鹏得以录用，虽然鹏渐渐疏远了两位兄弟，但仍依靠强、伟提供的线索，鹏及时保护了刚正不阿的黄探长（午马饰），在警队脱颖而出，跟进一步与贪腐的上司合作，除掉了不配合收黑钱的黄探长。另一方面，强为了搭救被黑道绑架的伟，失手杀人，并向鹏自首入狱。不久强出狱，发现女友已被鹏夺走，三兄弟关系的裂痕愈发明显，而鹏阴毒的性格也开始渐渐显露……