2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱，并一同登上了被废弃的进取号。为了避免被追击，斯科提还破坏了精进号的引擎。六名伙伴冒着毁掉毕生事业的风险，驾驶进取号航向创世星。其间，克林贡人得知了创世计划和创世星的消息。由于担心联邦将其改造为一种新式武器，克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰，去夺取或摧毁这一战略性的武器。在联邦星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道上进行着科学观测。他们很快便在地面上发现了生命形式，出于好奇心的驱使，他们俩传送上了星球表面并发现了斯波克空荡的遗棺。循着生命形式的读数，他们发现了幼年斯波克的活体：成长速度奇快，但却没有意识或灵魂。克林贡人在此时也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。不一会，进取号也抵达穆塔拉星区（MutaraSector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到瘫痪。由于克林贡人威胁将夺去人质的生命，柯克使用了一个计谋来重新掌控局势，但并未成功。戴维·马库斯随后被克林贡人杀害。由于没有其他的选择，柯克只得向克林贡人投降。柯克为了重新占据上风，冒死一搏启动了进取号的自毁程序。进取号的船员随后传送上了创世星，目睹着进取号在一片亮光中毁灭，同时也捎带上了克鲁格大部分的战士。柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他。由于创世星独特的力量，斯波克的遗体得以重生，并随着创世星衰老的速度迅速地成长。在离开不稳定的创世星时，斯波克刚好达到死亡前的年龄。在登上夺来的猛禽舰时，创世星开始了剧烈的爆炸。在沙瑞克的庇护下，猛禽舰抵达了瓦肯星。在经历了危险的“浮图邦术”仪式后，斯波克的灵魂离开了麦科伊的意识回到了自己的身体中。仪式最终成功，复活的斯波克开始重新回忆他的过去与朋友。他问进取号的船员们，为什么要冒着失去生命与毁掉事业的危险营救他；柯克告诉他，有些时候需要“牺牲大我，成全小我”。“我的儿子”关注的是一对夫妻，他们两人正准备分开，而男人在法国中途停留期间从他心烦意乱的前妻那里收到一条信息。当她说他们的儿子失踪时，该名男子开始寻找他的儿子，并不遗余力地将其送回。叶宣和酒吧里遇到的女孩孟微微恋爱，他的姐姐叶雪铱帮他们租了一个房子，在那个房子里他们发现了一把破旧的红纸伞。因为在深夜的屋子里打开过一把红纸伞，孟微微发现身边开始接二连三地发生诡异的事情……80年代，健民制药厂厂长魏健民，在“利民霉素”投产与“三废”的处理之间顾此失彼，因而妨碍了郊区的农业生产，干扰了植物研究所的科研工作，影响了附近居民的身体健康。某报社记者高立言赞扬“利民霉素”的报道刚发表，就收到许多群众来信。高立言再次深入调查，又发表了批评药厂的文章。于是，围绕着药厂产生了一系列矛盾冲突。最后，魏厂长认识到“三废”的危害，决心治理，在搞生产的同时，积极注意做好环境保护工作。这一次，瑞典情报官员卡尔·汉密尔顿（MIKAELPersbrandt）面临的不是国家利益，而是自己的家庭。他的7岁干女儿纳塔莉被上集的恐怖分子报复性绑架。布鲁诺•巴塔利亚和自己的妈妈生活在一起。他的妈妈超级肥胖，而且喜欢穿自己设计和制作的很夸张的衣服，他的爸爸是一名警察，但早已经和他们母子疏远了。在参加学校举行的拼字比赛中，布鲁诺决定穿裙子来表现自己，但是他却因此引来了众多非议和批评，也包括他的爸爸。后来在奶奶的帮助下，布鲁诺才赢得了爸爸的理解，不仅赢得了拼字大赛，而且也有机会实现爸爸少年时没有实现的梦想。