城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克饰）、拉斐尔（阿伦·瑞奇森饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。谷平安独自护送人镖小倩去找夫家，却在半途中被以刀疤脸为首的一伙绑匪绑架。王兆兴预感情况不妙，前去营救，竟遇到了曾经在飞鱼营干过的师兄游四。王兆兴向游四打听刀疤脸的消息，不料游四竟向王兆兴隐瞒实情，还指路为马。经过一番调查，以及小师妹保护朝廷刘大人调查官粮囤积案所掌握的信息，众人终于闯入罪魁祸首黄布政大人的行宫。在大量证据面前，黄布政和游四的丑恶行径和贪赃枉法不攻自破，刘大人将贪官缉拿归案，游四趁机溜走。王兆兴追出野外，与昔日的师兄展开一番较量，游四终有所顿悟，倔强的他却结束了自己的性命，王兆兴不免感到伤感和惋惜。贫穷加上乌脚病让他们活的很无奈，他们不怪谁，只怪自己的命。大不了就是把手砍掉，把脚锯掉就不痛了。邱水龙是典型的写照，在十几年前就因为乌脚病锯掉了一只脚，另一只脚又黑了一大块，锯掉也是迟早的事。早年儿子出海被大海吞噬，媳妇(桃花仔)浪迹他乡，跳脱衣舞维生，留下天资较差的孙子(阿钟仔)两人相依为命。憨厚的阿钟仔到学校最快乐的事，就是把水沟和厕所打扫的乾乾净净，但是还是受到校长老师的鄙视冷落……Eric、Pat、Jojo、龙、Bill、Ken、岚七个人本拟往离岛路营，但怎料碰上狂风暴雨，一行人来到一间空屋避雨。当夜，怪事连连，但谁也不以为然，而Jojo联同Bill及Ben捉弄龙，令龙无地自容，结果龙羞愤交加下被魔力扯进镜内。翌日，众人商议再停留一天，而龙则避不见人，众人以为龙因昨晚之事而发脾气，怎料Ken失踪，Bill、Jojo先后被杀，Eric等这才发觉龙有异样……一个偏隅小镇，清早突发车祸司机逃跑，留下狼狈不堪现场。与此同时，年轻的实习医生刘文雯在老蔡的引领下初次进入了小镇。当晚突发意外，老蔡被打晕。治安队队长周飞和刘文雯一同调查。事件第二天，周飞与刘文雯在一间林中小屋找到了怀疑对象——孤僻怪异的独居男子赵勉。周飞在追逃的过程中不慎摔伤了自己，赵勉也向深山逃去。事后当却震惊地发现赵勉自杀于房梁上。线索断了。事件的背后是什么阴谋，初来乍到的刘文雯能否解开这一谜团，故事正在继续。宇宙有翼骨兽格兰达出现在了宇宙空间里。SuperGUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。SuperGUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来模拟人的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把SuperGUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯号。飞鸟信（鹤野刚士饰）作为第一个数据移植者，在移植过程中失去了意识。此时，谜一样的UFO入侵了克利欧莫斯岛。敌人击退了SuperGUTS的攻击，并将普罗米修斯号改造成了电脑魔神戴斯非萨…