成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。胡家是乡下的暴发户，发财后举家迁往上海，开了一家银楼。胡家女儿翠翠从小就充满幻想，总觉得自己有一天会嫁给一个白马王子，因此当英俊潇洒的林家公子第一次走进银楼时，翠翠就对他一见钟情。胡夫人郑重其事地到林府提亲，林家父母被说动，决定要结这门亲事。同时，上海滩鼎鼎有名的媒人金玉颜，代何家小姐向林家提亲，而林家也应下了。\n在上海的一座教堂里，林公子与何小姐正在举行婚礼。这时，身着大红色中国传统嫁衣的胡翠翠气势汹汹的冲了进来，她大声对林公子表达爱意，谁知林公子说出的话却让胡翠翠心碎欲绝，林公子说他根本不喜欢翠翠，让她不要再自作多情。翠翠愣住了，媒人金玉颜趁机叫了几个人，把翠翠赶出了教堂……没有责任感的李立昌，行为粗鲁，多年工作只是在夜总会当个小职员。年少时他与叶婷结婚并育有一子Jason。两人性格不合离婚后，叶婷带着儿子到加拿大定居。多年后，叶婷因再婚回港需要李立昌帮忙照顾儿子，可是李立昌吊儿郎当与知书识礼的儿子成为鲜明的对比，此间立昌在儿子身上学会了宽容与尊重。立昌原本有个若即若离的女友Angle，由于立昌缺乏责任感，Angle不敢对他付托终身，立昌的改变令他们之间的感情也出现了转机。就在这时，Jason被检验出患有严重肝病……圣诞前夕，麦卡伦（布鲁斯•威利斯饰）正在华盛顿的机场等待妻子霍莉（邦尼•彼地丽娅饰）乘飞机归来过节。然而无意中他却发现了一个重大的阴谋：被议会解职的特种部队施上校正率领部下准备解救被引渡的中美洲毒枭艾将军。麦卡伦将此事告知了机场警卫队的罗队长，但后者的官僚作风和愚蠢却使这一切未能得到阻止。施上校带领部下占领了机场附近的一座小教堂，设置了一个飞行控制中心，并切断了机场控制塔与空中的一切联系，使众多的客机无法降落。而麦卡伦的妻子霍莉此时却正在其中的一架飞机上。为了解救妻子和在空中的众多客机，麦卡伦不得不再次进行艰苦的努力。小猫妙妙和咪咪是一对性情相反的姐弟，一个勤劳听话，一个贪玩懒散。太阳出来了，妈妈要它们起床，妙妙一骨碌爬了起来，咪咪却要赖会床；洗脸的时候，咪咪更是玩起了吹肥皂泡的游戏。三母子来到河边钓鱼，妙妙坐在妈妈身边认真的垂钓，咪咪却一会儿捉蝴蝶一会儿扑蜻蜓，结果，妈妈和妙妙手拿许多鱼回家，咪咪两手空空。坐在饭桌上等鱼吃时，妙妙和咪咪因为钓鱼和吃鱼发生争吵，妈妈劝慰一番，喵喵明白了钓鱼要专心，不能三心二意。顾家富贵显赫，可有史以来一直无法摆脱单脉相传的魔咒，其唯一的继承人顾睿整天只知吃喝玩乐，不务正业，令顾家老爷子非常焦心。顾睿遭黑社会绑架追杀，无意中闯入飞船，放出被禁锢几百万年的外星生物，并得到前人类召离的法力和战宠雪清。外星生物为独霸地球，寄生于人体，想方设法除掉最大的障碍——地球上最后一个拥有法力的人——顾睿。顾睿被迫陷入与外星人的战斗中，各种奇葩对手陆续登场。为应付不断进化的外星人，顾睿在召离的点拨下修炼法力，并成功收伏青龙、白虎、朱雀、玄武四个得力干将。随着事态进展，顾睿发现自己最棘手的敌人不是E伯爵，而是自己最信任的人……顾睿将计就计，试图由此消灭E伯爵，拯救身边之人，未成想却将自己引入死局……顾睿陷入困战，危机时刻，召离舍弃最后一丝精神能量相救……E伯爵损兵折将元气大伤，暂时撤退，但他并没有绝望，因为他的“种子”已被植入顾睿的未婚妻——千百音体内，等到时机成熟，他便可重现世人面前。顾睿与外星生物之间的战斗还远远没有结束……