生物学博士中村洋介从美国留学归来，效力于军方药品开发研究所。不久之后，中村洋介的妻弟参军死于战场，妻子悲痛欲绝，自戕于中村面前。中村洋介不愿接受这个事实，靠着自己在生物学的天赋，妄图利用特殊药物复活妻子。不料药物研制不但没有复活妻子，反而造成研究所内病毒肆虐。受此病毒感染的人丧失理智，变得性情暴戾，失去理智，且极具攻击性，如同狂犬病感染者一般用嘴撕咬他人。而被咬的人，在受伤之后片刻也会遭到感染，进而又去攻击他人。医药研究所顿时变成了人间炼狱，而幸存下来的人们开始各自的求生之路……人群熙攘的城市里，底层的小人物毫不起眼但人数众多，主人公小张就是小人物中的一员。小张是黑车司机，性格内向又有些自卑，沉默寡言，看起来老实憨厚.由于狭隘的成长环境，小张总是会显得有些呆滞,两只手无处安放地插在口袋里是他的标志动作。每天小张开着自己破旧的汽车去车站载客，晚上便回到出租屋内，住在隔壁的房东老太还时不时来催房租。谁也不知道小张是从哪里来，要到哪里去，他每天就这么生活着，平淡无奇。但是，平静的湖面下，却暗藏波涛。为了喜欢的姑娘，小张被人打晕在暗巷中。醒来后，却看见打人者的尸体倒在脚边，随后小张发现，尸体神秘失踪。那个人到底有没有死？晕倒后到底发生了什么？莫名其妙的流浪汉为什么会出现在这里？小张的身上究竟藏着怎样的秘密?真相只有一个答案，一切疑问都来自于人性与命运的纠葛......一次回国，吴浩在街边整理车背箱时，不经意间被警察追逃的毒贩猛撞了一下，毒贩乘吴浩不注意时将毒品包扔在吴浩车子后备箱里，随即暗自记下吴浩的车牌号码，而一旁的吴浩却并没有注意到毒贩的动作。丢失毒品的事被黑帮老大知道。于是，毒贩带领一批人对吴浩展开了追杀。这天，吴浩开车在路上却突然碰到一个年轻小伙碰瓷，和年轻小伙理论，路过的冉冉看见小伙倒地误以为吴浩是肇事司机，想要推卸责任。于是上前与吴浩理论，俩人吵了起来。在俩人争吵中碰瓷者意欲偷走吴浩的包，被冉冉看见，冉冉这才反映过来是自己误会了吴浩，贩毒团伙手拿各类凶器将吴浩、冉冉俩人围攻。无奈之下，俩人逃进深山。冉冉一再追问缘由，吴浩这才告知她事情整个过程…龙五年前因错手伤人而逃离香港，事过境迁，重返香港后在孤儿院遇见好友黄。此时黄已当牧师，而其女友May亦已嫁人。龙偶遇May，知其婚姻不美满，又得悉其丈夫为黑帮头目，遂劝May离开他。可惜May难逃魔爪，被其丈夫折磨致死。龙悲恸万分，重开杀戒，杀尽目中仇人。孤儿院的孩子们将其视作心目中的英雄，极其崇拜。然而龙法网难逃，被处极刑。为免孩子们重蹈其覆撒，龙故意在众人面前哭泣并高呼怕死，尽毁其英雄形象，唯有黄明白龙的苦心，喜极而泣，在他心中，龙这时才是真正的英雄。上世纪90年代的上海，许多人都为出国狂热。路途（阮经天饰）是最年轻的五星级酒店领班，处事精明、为人仗义，无论是手下阿坤（杨旭文饰）等一众小弟，还是打算开娱乐城的金小姐（叶童饰），都对路途很是信任。从美国归来的精英商人米先生（苗侨伟饰）更是看中他，邀请他担任纽约新酒店的负责人。为了去纽约，许多人怀着不同目的来接近路途，其中也包括令路途着迷的女孩阿鹃（杜鹃饰）。纽约梦能否如愿以偿？路途和阿鹃的爱情又将何去何从？一段在欲望都市中关于选择的爱欲纠缠，就此展开……成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。