1943年2月，德国纳粹政府宣布首都柏林已经“清除了犹太人”。此时此刻，有7000名犹太人成功转入地下生活。最终有近1700名犹太人在战时柏林的恐怖氛围中活了下来。《隐形同盟》讲述了四位至今仍健在的历史见证者的这段经历。他们的真实人生故事给了本片创作灵感，影片结合了戏剧形式的影像再现和对这些幸存者的精彩采访。身为纳粹集中营“特遣队”队员的犹太人索尔，是一名被迫负责处理死尸的囚犯，某日在例行清理毒气室遇难者尸体的过程中，发现了自己“儿子”的遗体，他从此改变了苟且度日的生活，做出了人生中最大胆的决定——拼死夺回“儿子”的尸体，并找到一位犹太牧师为“儿子”下葬。绚丽的阳光照耀在五指山上，这里是黎族人民生活的地方。年轻的姑娘柯英（王珊饰）想念着公虎（廖俊翔饰）。姑娘们来到她家门口，和她一起纺织。少女环娘织着一条花带，这是一种爱情的信物。夜猎的男人们回来了，大家围着猎物舞蹈。突然，公虎回来了，柯英悲喜交集，大家祝贺他们夫妻团圆。这时，国民党又来掠劫，柯英和环娘的爱人阿锦（林春华饰）被抓走了。国民党匪军把他们关在囚笼里，准备当做野兽一样去展览。夜晚，公虎杀死敌人，救出了柯英和阿锦。二战期间，日军侵略中国。熟黯功夫的僧人天法，在寺门附近救了一个被日军追杀的地下工作者。此人身受重伤，弥留前将一幅有关日军军力分布的地图交给天法，求天法送到卧龙镇他的同志。天法冲破日军包围上路，身上带了一只木盒，盒内是寺内最珍贵的经文，中途遇上两个小流氓阿龙与马可，二人以为天法木盒内是珍宝，所以不断要偷天法的木盒，天法武功高强，几次打败两个小流氓。但由于不识往卧龙镇的路途，只有与二人合作。男友瓦西里吉突然死亡之后，耐莉（乔迪丝·翠贝尔饰）带着幼子逃离了东柏林。当盟军特勤局找到她，要调查瓦西里吉的“死亡”真相时，痛苦的过去席卷而来。山下雏子与丈夫清治搬到了大阪近郊某破旧团地的三居室公寓居住。原本他们经营着一家三代祖传的中药材店，但经历了爱子在事故中意外去世的悲痛打击后，他们卖掉了店铺。搬家后，雏子找到了一份兼职工作，清治却每天无所事事到处闲逛。尽管有传闻说清治受困于中年危机，两人的婚姻岌岌可危，但两夫妻却毫不在意。某日，一个年轻人突然到访，声称山下家制作的某种药物是对他唯一有效的药，想要定期购买。神秘的年轻人整日说着奇怪的日本语，名叫真城贵史。清治被怂恿去竞选居民自治会长，他一腔热情，自信满满，结果却没被选上。他感到非常沮丧，于是蜗居家中数月不出，而那位年轻人则依然每天进出山下的家中。面对清治的突然失踪，离婚、蒸发、杀人等传言在团地居民中传开，居民们私下讨论后决定向警察提出搜查山下家的要求。居民、警察和媒体都纷纷卷入这场纷争中，终于，山下夫妇和真城贵史决定向大众道出事实真相与他们的目的。